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上下文模式工程洞察面板
ctx-insight
mksglu/context-mode
136
本工具可打开上下文模式的洞察仪表盘,为AI辅助工程团队提供中央分析层。用户可以查看每位工程师的生产力速率、识别重复尝试浪费、检测项目阻碍点,并获取按角色划分的详细性能视图。它是团队性能监控和登录信息的单一信息源。
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癌症依赖图谱分析工具
depmap
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
145
该工具提供癌症依赖图谱(DepMap)数据接口,基于全基因组CRISPR筛选、RNAi和化合物敏感性实验。可用于查询基因的依赖性评分,识别特定于癌症的脆弱点,预测合成致死作用,并验证肿瘤学药物靶点。
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综合地理空间分析技能
geomaster
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
160
该技能涵盖地理空间科学,包括遥感、GIS、空间分析和地球观测机器学习。支持卫星影像处理、矢量与栅格数据操作、空间统计及点云处理。用户可利用云原生工作流和多种编程语言,配合 500+ 代码示例。适用于地形分析、水文建模及海洋空间分析任务。
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Histolab 全切片图像分块提取
histolab
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
314
面向数字病理全切片图像(WSI)的 Python 库,支持组织检测、切片分块提取、图像滤波与染色归一化,适合为深度学习准备 H&E 数据集及快速的分块分析。
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LaminDB 生物数据管理
lamindb
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
350
LaminDB 是一个开源的、原生谱系的数据湖,专为生物数据集和模型设计。它支持数据的查询、追踪、验证和 FAIR 合规性,兼容多种存储格式。用户可追踪计算工作流,通过 Bionty 进行本体注释,管理单细胞测序等生物数据,确保可复现性和团队协作。
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Medchem 化合物筛选
medchem
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
62
基于 Python 的药物化学分子筛选工具,用于化合物库的分类与优先级排序。支持类药性规则(Lipinski、Veber、CNS)、结构警示目录(PAINS、NIBR、ChEMBL)、复杂度指标、官能团检测及查询语言,适用于大规模分子筛选与命中到先导化合物优化。
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OMERO 显微数据集成
omero-integration
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
465
使用 omero-py、BlitzGateway、OMERO CLI 等安全检查和自动化 OMERO.server 显微数据工作流,涵盖数据清单、元数据导出、注释、ROI、渲染及经审核的写入操作。
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PyDESeq2 差异表达分析
pydeseq2
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
431
使用 PyDESeq2 对 bulk RNA-seq 进行差异基因表达分析,支持公式化设计、Wald 检验、FDR 校正、LFC 收缩和结果可视化。
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PyMC 贝叶斯建模
pymc
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
239
使用 PyMC 6 构建、拟合与验证贝叶斯模型,涵盖层次模型、MCMC/NUTS 采样、变分推断、先验与后验预测检验、采样诊断以及 LOO/WAIC 模型比较,适用于概率编程与不确定性量化。
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Pymoo 多目标优化框架
pymoo
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
358
Pymoo 是一个 Python 单目标与多目标优化框架,提供 NSGA-II/III、MOEA/D、SPEA2 等算法,支持约束处理、ZDT/DTLZ 基准测试、Pareto 前沿分析与可视化,适用于工程设计等优化问题。
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RDKit 化学信息学工具包
rdkit
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
257
基于 Python 的化学信息学工具包,提供分子精细控制能力:SMILES/SDF 解析、分子描述符(分子量、LogP、TPSA)、指纹、子结构检索、2D/3D 坐标生成、相似性计算、化学反应与可视化,适用于药物发现与计算化学研究。
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科学头脑风暴引导
scientific-brainstorming
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
114
用于引导循证的科学创意构思:独立产出、结构化讨论、显式假设、透明评估、对抗性评审与决策日志。适用于早期科研头脑风暴和候选方向优先级排序;实证验证、研究设计及伦理审查需交由相关专家或技能。
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