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Matchms 质谱数据处理

matchms
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497
基于 Python 的串联质谱数据处理技能，使用 matchms 0.33.1 完成 MS/MS 文件读写、元数据标准化、峰过滤、谱图相似度打分、谱库检索匹配、得分矩阵与分子相似性网络构建，适用于代谢组学谱图分析。
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Matplotlib 数据可视化库

matplotlib
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330
Matplotlib 是 Python 基础可视化库，用于创建静态、动画和交互式图表。支持线、散点、柱状图等多种类型，适用于科学统计可视化。可自定义外观、创建多面板图表，并导出为 PNG、PDF 等格式。适合制作出版级图形及集成到 Jupyter 笔记本中。
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Medchem 化合物筛选

medchem
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基于 Python 的药物化学分子筛选工具，用于化合物库的分类与优先级排序。支持类药性规则（Lipinski、Veber、CNS）、结构警示目录（PAINS、NIBR、ChEMBL）、复杂度指标、官能团检测及查询语言，适用于大规模分子筛选与命中到先导化合物优化。
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分子动力学模拟与分析

molecular-dynamics
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使用 OpenMM 和 MDAnalysis 运行并分析分子动力学模拟，包括蛋白质/小分子体系搭建、力场选择、能量最小化、NVT 平衡、生产模拟以及 RMSD、RMSF、接触图和自由能面等轨迹分析，适用于结构生物学、药物结合和生物物理研究。
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NetworkX 图与网络分析

networkx
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使用 Python 的 NetworkX 3.x 创建、分析和可视化复杂网络。支持从数据构建图结构、运行最短路径、PageRank、中心性等算法、社区发现、生成随机与无标度网络，并读写 GraphML、JSON、边列表等多种格式。
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NeuroKit2 生物信号处理

neurokit2
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192
基于 NeuroKit2 构建可复现的生理时间序列研究流程，涵盖 ECG、RSP、EDA 等生物信号的预处理、事件与区间分析、多模态对齐、变异性与复杂度分析。
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OMERO 显微数据集成

omero-integration
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使用 omero-py、BlitzGateway、OMERO CLI 等安全检查和自动化 OMERO.server 显微数据工作流，涵盖数据清单、元数据导出、注释、ROI、渲染及经审核的写入操作。
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PathML 计算病理学工作流

pathml
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使用 PathML 在本地开展计算病理学研究：加载与切分全切片图像、构建预处理与质控流水线、管理 h5path 数据、量化多重免疫荧光图像、构建空间图并规划有界的模型推理。
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系统发育树构建与分析

phylogenetics
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249
本技能用于构建和分析系统发育树，涵盖 MAFFT 序列比对、IQ-TREE 2 最大似然树推断及 FastTree 快速分析。适用于进化关系研究、微生物基因组学、病毒传播动力学及分子钟分析。通过 ETE3 等工具可视化，帮助推断祖先序列、检测水平基因转移及确定物种分化时间。
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Polars 高性能数据框库

polars
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基于 Apache Arrow 的高性能 Python 数据框库。涵盖表达式式 API、惰性查询优化、流式外存处理、聚合与窗口函数、连接操作及 pandas 迁移，适用于 ETL 与数据分析流程。
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Polars Bio 基因组区间分析工具

polars-bio
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基于 Polars 的高性能基因组区间运算与生物信息文件读写库，支持 overlap、nearest、merge、coverage、complement、subtract 等操作，以及 BED/VCF/BAM/GFF 等格式读写，支持流式与云存储，是 bioframe 的快速替代方案。
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PrimeKG 知识图谱查询

primekg
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查询 PrimeKG 精准医学知识图谱，检索基因、药物、疾病和表型节点，获取邻居关联，分析疾病上下文，并探索药物重定位路径。
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