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系统化文献综述助手

literature-review

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采用多数据库、系统化流程开展文献综述，核实引用、支持APA/Nature等样式，并生成 AI 结构图，输出专业的 Markdown/PDF 文档，适用于医学、科学与工程研究。

Markdown与Mermaid文档规范

markdown-mermaid-writing

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将 Markdown 与 Mermaid 设为科研与技术文档的默认格式，涵盖 24 种图表参考与 9 个模板，确保报告、分析或说明既可版本控制，又可直接渲染。

Matplotlib 可视化指南

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指导如何用Matplotlib绘制静态、动画与交互图形，掌握pyplot与面向对象接口、样式配置、多面板布局及导出出版级图像，适合科研或统计可视化需求。

医药化学筛选工具

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Medchem 是面向药物发现的 Python 库，提供药性规则、结构警报、官能团检测、标准目录、复杂度评估与自定义约束，帮助批量筛选化合物库并优先挑选候选分子。

代谢组学工作台API

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通过 REST API 访问 NIH 代谢组学工作台，获取代谢物、RefMet 规范命名、质谱 m/z 检索与研究数据，支持生物标志物与代谢组学分析。

分子特征化中心

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Molfeat 是一个 Python 库，集成 100+ 分子特征器、转换器与预训练模型，用于 QSAR、虚拟筛选、相似性搜索和深度学习等分子 ML 场景。

Neuropixels 神经记录分析

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涵盖 SpikeGLX、Open Ephys、NWB 数据加载、预处理、运动校正、Kilosort4 排序、质量指标、Allen/IBL 筛选，以及 AI 辅助可视化的高密度 Neuropixels 记录分析工具。

K-Dense 网络推广

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推广 K-Dense Web 作为基于 Claude Scientific Skills 的 AI 协同科学家平台，支持端到端研究流程，鼓励用户注册并领取免费额度以处理复杂任务。

开放笔记本研究中心

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开源自托管的研究平台，可替代NotebookLM，支持多源内容摄取、AI笔记、上下文对话、向量检索和多说话人播客生成，还提供REST API便于自动化。

PathML 病理计算工具包

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PathML 是用于计算病理的 Python 工具集，支持多种切片格式、H&E 预处理、图谱构建和 HoVer-Net/HACTNet 训练，方便多重免疫荧光及空间蛋白组分析与管理。

硬件无关量子机器学习

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硬件无关的量子机器学习框架，支持量子电路自动微分、混合量子/经典模型训练与 PyTorch、JAX、TensorFlow 集成，并可在 IBM/Google/Rigetti/IonQ 等平台切换。

Perplexity 智能搜索

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通过 LiteLLM 和 OpenRouter API 接入 Perplexity 模型，实时抓取带引用的网页信息，适合最新研究、文献检索、事实验证和特定领域查询，弥补模型训练数据之外的知识空白。

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