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UMAP 非线性降维工具
umap-learn
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
180
使用 UMAP-learn 进行快速、可扩展的非线性降维,适用于二维/三维可视化嵌入、聚类预处理、监督与半监督 UMAP、DensMAP、AlignedUMAP 及参数化 UMAP 工作流,并包含关键参数调优指南。
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分子特征化工具库
molfeat
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
364
统一的分子特征化 Python 库,集成 100 多种特征化器与预训练嵌入模型,可将 SMILES 或 RDKit 分子转换为适用于机器学习的数值特征,用于 QSAR 建模、虚拟筛选、相似性搜索和深度学习。
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ESM 蛋白质语言模型
esm
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
110
使用 esm Python SDK 和 ESM3/ESMC 模型进行蛋白质序列生成、嵌入提取、功能注释、结构预测与逆折叠,并支持 Forge/Biohub 云端推理工作流。
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单细胞 Census 数据查询工具
cellxgene-census
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
144
该技能提供对 CZ CELLxGENE Census 的程序化访问,这是一个包含版本化公共单细胞和空间转录组数据的综合集合。它支持高效查询大规模细胞元数据、基因表达切片和嵌入,无需下载整个数据集。适用于分析人类、小鼠等多种生物体的数据,并与 Scanpy、AnnData 等工具集成,支持大规模分析和机器学习工作流。
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RAG系统架构指南
rag-architect
Jeffallan/claude-skills
176
设计并实现生产级 RAG 系统,涵盖文档切分、嵌入生成、向量存储、混合检索、重排序与评估,助力知识驱动的 AI 应用实现语义搜索、文档检索与上下文增强。
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LangChain RAG:向量搜索与优化
langchain-embeddings-search
jeremylongshore/claude-code-plugins-plus-skills
230
本指南旨在掌握使用LangChain构建稳健的检索增强生成(RAG)流程。内容深入探讨了向量搜索的常见陷阱,包括不同向量数据库的相似度分数语义差异(L2与Cosine)、嵌入维度匹配问题,以及针对代码和Markdown的文本分块最佳实践。学习如何选择、配置和优化FAISS、Pinecone、Chroma等多种向量存储,确保RAG系统的高召回率。
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代码库索引与语义搜索
cursor-codebase-indexing
jeremylongshore/claude-code-plugins-plus-skills
473
专业的代码库索引工具,将整个项目代码分割并转换为向量嵌入。它支持通过自然语言提问实现语义搜索(@Codebase),能帮助开发者快速、准确地定位代码流、API或功能点,极大地增强AI辅助编程的上下文感知能力。
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RuView模型高级训练流程
ruview-model-training
ruvnet/RuView
277
本文档全面介绍了RuView模型的全生命周期训练流程。涵盖多种先进的跟踪技术,包括无摄像头姿态估计(WiFlow)、使用MediaPipe的相机监督方法、鲁棒的对比嵌入(RuVector)以及领域泛化(MERIDIAN)。支持在本地GPU和云平台进行训练、评估和部署。
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层次化数据到双曲空间嵌入
vector-hyperbolic
ruvnet/ruflo
72
该技能使用双曲空间模型(Poincare球)嵌入具有固有层级结构的数据,如依赖树、本体论或模块结构。与标准欧几里得空间不同,双曲空间能高效保留层级距离,距离与树的深度呈对数增长。适用于知识图谱、代码架构分析和复杂关系挖掘。
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向量嵌入生成与索引
vector-embed
ruvnet/ruflo
353
本工具用于将文本、代码或文档转化为高维向量嵌入(384维)。它利用ONNX和HNSW索引,实现高效的语义搜索、相似性比较和数据聚类,是构建RAG和知识检索系统的核心组件。
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基于图社区检测的向量聚类
vector-cluster
ruvnet/ruflo
203
该技能利用`ruvector`工具,通过图社区检测(如谱聚类/Louvain)来发现大量语义嵌入(如代码或数据)中的自然分组。它能帮助用户发现潜在的主题、识别异常数据点(离群值)并系统化地组织大型向量集合,适用于代码库或大型数据集的结构化分析。
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管理RVF可移植智能体记忆
rvf-manage
ruvnet/ruflo
461
该工具用于管理RVF(Ruflo Vector Format)文件,专门用于处理和传输智能体的记忆信息。它支持查看、导出、导入、迁移和统计记忆数据,确保知识库可以安全地在不同项目和平台之间进行备份和共享。
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