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基因组数据处理与分析
pysam
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
225
Pysam是一个专业的基因组数据处理Python模块。它提供了一个Python接口,用于读写和操作主流基因组格式,包括BAM/CRAM比对文件、VCF/BCF变异文件和FASTA/FASTQ序列。广泛应用于基因组测序分析、变异检测、覆盖度计算以及构建复杂的生物信息学流程。
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RDKit化学信息学分子工具包
rdkit
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
68
RDKit是一个功能强大的开源化学信息学库,提供全面的Python API,用于分子结构分析和操作。它支持读取和写入多种分子格式(如SMILES、SDF),计算理化描述符、指纹图谱,并执行子结构搜索、立体化学分析等。该工具集是药物发现、计算化学和材料科学研究的关键资源。
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Nextflow:数据工作流管道构建
nextflow
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
210
Nextflow是一个用于构建可复现、可移植、可扩展数据管道的工作流语言。它尤其在生物信息学领域占主导地位。本技能涵盖了完整的生命周期管理,包括使用DSL2编写模块、配置容器化环境、扩展到HPC或云端,以及运行和调试复杂的科学工作流。
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