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糖链工程工具集

glycoengineering

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对蛋白序列进行N-和O-糖基化位点分析，提供筛查、添加或消除糖基化位点的策略，辅助抗体优化、疫苗设计及生物类似物糖链比对。

技术设计规范生成器

kiro-spec-design

本工具用于生成全面、结构化的技术设计规范。它指导用户系统地完成设计流程，涵盖上下文加载、根据功能类型执行深入发现与分析、应用设计原则进行综合，最终生成边界清晰、结构化的技术设计初稿，确保所有需求都与明确的技术组件相对应。

需求与代码差距分析

kiro-validate-gap

本工具旨在分析新功能需求与现有代码库之间的实现差距。它通过对比批准的需求文档、现有架构和系统上下文，帮助用户清晰识别出系统缺失的能力、潜在的集成挑战以及需要补充的研究点。最终输出详细的分析报告，提出多种可行的实现方案，为后续的设计和开发阶段提供坚实的依据。

LabArchives 实验笔记本集成

labarchive-integration

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通过 LabArchives API 自动化管理电子实验笔记本，包括凭证配置、条目/附件操作、备份、报表和 Protocols.io/Jupyter/REDCap 等集成，助力科研数据工作流。

Latch 生物信息工作流

latchbio-integration

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LatchBio Integration 提供 Python 为核心的服务器化生物信息流程构建与部署能力，涵盖装饰器任务、LatchFile/Dir 云存储、GPU 资源调优，以及与 Nextflow/Snakemake 等管道的互通，适合 RNA-seq、AlphaFold 等分析场景。

AI 代理技能管理

rohitg00/awesome-claude-code-toolkit

通过命令行统一管理 Cursor、Claude 等 11 个工具的技能与规则，支持创建、复制、移动、启用/禁用、搜索、跨工具转换以及全局与项目作用域覆盖操作。

Markdown与Mermaid文档规范

markdown-mermaid-writing

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将 Markdown 与 Mermaid 设为科研与技术文档的默认格式，涵盖 24 种图表参考与 9 个模板，确保报告、分析或说明既可版本控制，又可直接渲染。

MarkItDown 文档转 Markdown

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MarkItDown 将 PDF、Office、HTML、JSON、XML、ZIP、图片（带 OCR）和音频（语音转写）等多种格式统一转为结构化 Markdown，便于与大模型或文档流程协作。

MATLAB/Octave 科学计算指南

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提供 MATLAB 与 GNU Octave 的矩阵计算、数据导入导出、图形绘制、统计分析、信号与微分方程等科学计算指导，适用于编写、调试或在两个解释器间转换脚本。

Matplotlib 可视化指南

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指导如何用Matplotlib绘制静态、动画与交互图形，掌握pyplot与面向对象接口、样式配置、多面板布局及导出出版级图像，适合科研或统计可视化需求。

医药化学筛选工具

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Medchem 是面向药物发现的 Python 库，提供药性规则、结构警报、官能团检测、标准目录、复杂度评估与自定义约束，帮助批量筛选化合物库并优先挑选候选分子。

网络图分析工具包

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Python工具包,用于构建、分析和可视化复杂网络,提供算法、读写、生成及社区检测能力,适用于社交、生物、交通、引文等实体关系场景。

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