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Neuropixels 神经记录分析
neuropixels-analysis
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
201
涵盖 SpikeGLX、Open Ephys、NWB 数据加载、预处理、运动校正、Kilosort4 排序、质量指标、Allen/IBL 筛选,以及 AI 辅助可视化的高密度 Neuropixels 记录分析工具。
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系统发生树重建与分析工具包
phylogenetics
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
172
这是一个完整的系统发生学分析流程,用于重建生物序列(基因、蛋白质)的进化关系。流程涵盖了从多序列比对(MAFFT)到最大似然树构建(IQ-TREE 2),再到可视化和分析(ETE3)的完整生命周期。适用于病毒动力学、微生物基因组学、分子时钟分析等前沿生物信息学研究。
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QuTiP 量子系统模拟工具
qutip
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
85
QuTiP 是一个面向开放与封闭量子系统的 Python 仿真工具,提供主方程、量子轨迹、可视化与分析模块,适合物理研究、教学实验与动力学探索。
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高级分子控制
rdkit
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
136
RDKit 是 Python 化学信息学库,支持读取/写入分子、描述符计算、指纹、子结构搜索、反应变换与 2D/3D 可视化,适合药物发现与计算化学研究。
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Scanpy 单细胞分析流程
scanpy
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
454
Scanpy 是一个可扩展的 Python 工具包,用于处理单细胞 RNA-seq 数据,包含质控、归一化、降维、聚类、标志基因识别、细胞类型注释及高质量可视化,适用于 h5ad/10X/CSV 格式。
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科学出版可视化工具
scientific-visualization
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
77
借助 matplotlib、seaborn 和 plotly 生成论文级图像,支持多面板、显著性标注、色盲友好配色与各类期刊所需的格式和分辨率导出。
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Seaborn统计可视化库
seaborn
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
238
Seaborn是一个用于创建专业级统计图形的Python库。它专注于数据科学领域的探索性数据分析和多变量可视化。用户可以利用它轻松绘制关系图、分布图(如直方图、KDE图)和复杂的多面板图,非常适合进行深入的数据洞察。
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UMAP 高效降维可视化
umap-learn
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
314
UMAP 提供快速非线性流形降维,可生成保留局部与全局结构的嵌入,适合可视化、聚类预处理、以及监督/半监督学习等高维数据场景。
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Vaex 大规模数据处理
vaex
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
357
Vaex 是一款高性能 Python 库,利用延迟计算和磁盘外表格,能在内存不足时处理数十亿行数据,适合做大数据统计、可视化、格式转换及机器学习流程。
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