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Data Commons 客户端

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K-Dense-AI/claude-scientific-skills

提供 Data Commons 的 Python 客户端，可解析实体、查询人口、经济、健康等公共统计数据，并结合 Pandas 处理观测记录，适合探索知识图谱中的统计关系。

PathML 病理计算工具包

K-Dense-AI/claude-scientific-skills

PathML 是用于计算病理的 Python 工具集，支持多种切片格式、H&E 预处理、图谱构建和 HoVer-Net/HACTNet 训练，方便多重免疫荧光及空间蛋白组分析与管理。

TorchDrug 图神经工具集

K-Dense-AI/claude-scientific-skills

TorchDrug 是基于 PyTorch 的图神经网络工具箱，针对分子、蛋白质与生物知识图谱，支持性质预测、生成、逆合成与知识图谱推理，并提供丰富数据集与预设模型方便定制。

PrimeKG精准医学图谱查询

K-Dense-AI/claude-scientific-skills

通过程序化脚本查询PrimeKG精准医学知识图谱的基因、药物、疾病与表型等实体及其关系，辅助药物发现、可复用性验证与表型网络分析。

社交图谱加权排名分析

social-graph-ranker

affaan-m/everything-claude-code

这是一个先进的网络情报工具，用于计算加权图谱分数，描绘到达目标的最优路径。它能够识别潜在的引荐人，衡量跨连接的“桥梁价值”，并帮助用户判断是否需要温和引荐或直接外联。对于需要掌握核心排名数学原理的用户尤其适用。

研究知识持久化知识库

wanshuiyin/Auto-claude-code-research-in-sleep

该工具是面向整个科研生命周期的持久化、结构化知识库。它能够积累并关联所有核心研究实体（包括论文、想法、实验和可验证的科学假设），构建出完整的知识图谱。它确保知识是积累和可查询的，避免了单次查阅后的知识遗忘，是科研项目的核心知识管理系统。

高性能基因组区间分析工具包

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Gtars是一个高性能的基因组信息学工具包，使用Rust语言编写并提供Python接口。它专注于基因组区间数据的处理与分析，核心功能包括：基因组区域重叠检测、覆盖度图谱生成、以及用于机器学习模型的基因组序列Tokenization。适用于计算基因组学、生物信息学和单细胞分析等领域。

PathML 病理计算工具包

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PathML 是用于计算病理的 Python 工具集，支持多种切片格式、H&E 预处理、图谱构建和 HoVer-Net/HACTNet 训练，方便多重免疫荧光及空间蛋白组分析与管理。

PrimeKG精准医学图谱查询

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通过程序化脚本查询PrimeKG精准医学知识图谱的基因、药物、疾病与表型等实体及其关系，辅助药物发现、可复用性验证与表型网络分析。

单细胞RNA测序分析流程

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Scanpy是一个基于AnnData的综合性Python工具包，专用于分析单细胞RNA测序数据。它提供了一个完整的、可扩展的单细胞基因组学分析工作流程，涵盖了从质量控制（QC）、标准化、降维（PCA、UMAP、t-SNE）到细胞聚类、标志基因识别和细胞类型注释的每一个关键步骤。适用于生成高质量单细胞图谱和进行探索性生物学分析。

TorchDrug 图神经工具集

K-Dense-AI/scientific-agent-skills

TorchDrug 是基于 PyTorch 的图神经网络工具箱，针对分子、蛋白质与生物知识图谱，支持性质预测、生成、逆合成与知识图谱推理，并提供丰富数据集与预设模型方便定制。

深度研究与知识图谱生成

research-to-diagram

本技能是一个从主题到图谱的一站式解决方案。它能够接收任何研究主题，自动执行深度网络调研、知识提取和结构化处理，最终生成专业的知识关系图谱PDF。适用于需要从零开始研究复杂概念、人物关系、技术架构或历史事件的场景。

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