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ClinPGx 药物基因组数据库
clinpgx-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
210
通过 ClinPGx REST API 查询基因-药物关系、CPIC/DPWG/FDA 指南、等位基因功能与频率等临床药物基因组数据,支持个体化用药与临床决策。
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ClinVar 变异临床意义查询
clinvar-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
442
查询ClinVar数据库以获取变异临床意义,通过网页/API访问、FTP批量下载并注释VCF,辅助基因组医学解读。
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DNAnexus 云基因组集成
dnanexus-integration
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
412
通过 DNAnexus 云基因组平台开发 app/applet、管理 FASTQ/BAM/VCF 等数据、运行工作流,并使用 dxpy 自动化脚本,支撑生物医学流水线。
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Ensembl基因组数据库接口
ensembl-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
413
通过 Ensembl REST API 获取 250+ 物种的基因注释、序列、变异、同源基因及装配坐标映射,便于整合入基因组研究流程。
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基因组区间工具库
gtars
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
203
高性能 Rust 工具库(含 Python 绑定),面向基因组区间分析,支持重叠检测、覆盖轨道、ML 标记化、参考序列管理、片段拆分与评分等常见测序数据流程。
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KEGG REST 工具集
kegg-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
447
提供 KEGG REST API 的 Python 工具,涵盖数据库信息、列表、检索、搜索、ID 转换、关联与药物交互,帮助完成通路与基因组分析。
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Pysam基因组分析工具
pysam
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
250
Pysam 提供 htslib 的 Python 接口,可读写 SAM/BAM/CRAM、VCF/BCF、FASTA/FASTQ,便于提取区域、计算覆盖、分析变异,并支持 NGS 流水线集成。
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TileDB VCF 变体存储
tiledbvcf
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
466
TileDB-VCF 使用 TileDB 稀疏数组高效管理 VCF/BCF 变异数据,支持增量样本、并行区域查询、云本地存储与导出,适合群体基因组分析与变异数据库构建。
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cBioPortal癌症基因组数据
cbioportal-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
328
通过 cBioPortal REST API 查询 TCGA、GENIE 等肿瘤研究的突变、拷贝数、表达和生存数据,可用于癌基因验证、共突变模式分析与临床变量关联研究。
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系统发生树重建与分析工具包
phylogenetics
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
275
这是一个完整的系统发生学分析流程,用于重建生物序列(基因、蛋白质)的进化关系。流程涵盖了从多序列比对(MAFFT)到最大似然树构建(IQ-TREE 2),再到可视化和分析(ETE3)的完整生命周期。适用于病毒动力学、微生物基因组学、分子时钟分析等前沿生物信息学研究。
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大规模单细胞基因组数据查询
cellxgene-census
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
95
本技能提供程序化访问,连接到超过6100万个细胞的CZ CELLxGENE大队列。它用于生物信息学研究,支持进行大规模数据集间的交叉分析,按细胞类型、组织或疾病查询基因表达数据,并可用于训练机器学习模型。无论是在内存还是离线计算,均提供完整的单细胞分析能力。
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DeepTools:高通量测序数据分析工具
deeptools
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
358
DeepTools是一个完整的命令行工具集,用于分析高通量测序数据。它支持对ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq等多种实验进行质量控制(QC)、数据标准化、样本比较和高质量的可视化图谱生成。核心功能包括BAM文件到bigWig的转换,以及生成基因组区域的热图和谱图。
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