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BRENDA 酶数据库查询

brenda-database
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217
通过 BRENDA SOAP 接口获取酶的动力学参数、反应方程、底物特异性及环境条件，为生物化学研究、代谢通路构建与酶工程优化提供数据支撑。
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临床试验数据库查询

clinicaltrials-database
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324
通过 ClinicalTrials.gov API v2 按疾病、药物、地点、赞助商或状态查询试验，按 NCT 编号提取详细数据并导出用于研究分析、患者匹配或试验监控。
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ClinPGx 药物基因组数据库

clinpgx-database
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210
通过 ClinPGx REST API 查询基因-药物关系、CPIC/DPWG/FDA 指南、等位基因功能与频率等临床药物基因组数据，支持个体化用药与临床决策。
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ClinVar 变异临床意义查询

clinvar-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
442
查询ClinVar数据库以获取变异临床意义，通过网页/API访问、FTP批量下载并注释VCF，辅助基因组医学解读。
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ENA序列访问

ena-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
70
通过 REST 接口或 FTP 访问欧洲核苷酸档案库，快速获取 DNA/RNA 序列、原始读段、组装体、注释和分类信息，便于科研或生信流水线集成。
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Ensembl基因组数据库接口

ensembl-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
413
通过 Ensembl REST API 获取 250+ 物种的基因注释、序列、变异、同源基因及装配坐标映射，便于整合入基因组研究流程。
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GEO基因表达提取器

geo-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
65
连接NCBI GEO仓库，通过Entrez搜索GSE/GSM/GPL/Profiles，获取基因表达数据、实验设计和矩阵文件，配合GEOparse下载分析所需的转录组资料。
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GeoPandas 空间分析库

geopandas
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419
GeoPandas 基于 pandas 和 shapely，处理地理矢量数据（SHP/GeoJSON/GeoPackage/PostGIS），支持坐标系转换、空间连接、叠置、缓冲、面积距离计算及静态与交互式地图，适用于各类空间分析流程。
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基因组区间工具库

gtars
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203
高性能 Rust 工具库（含 Python 绑定），面向基因组区间分析，支持重叠检测、覆盖轨道、ML 标记化、参考序列管理、片段拆分与评分等常见测序数据流程。
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人类代谢物数据库查询

hmdb-database
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492
通过 HMDB 检索 22 万余条人类代谢物信息，可按名称、ID、结构、疾病、标本筛选，获取化学、临床、通路和谱图数据并批量下载，支持代谢组学研究与生物标志物分析。
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KEGG REST 工具集

kegg-database
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447
提供 KEGG REST API 的 Python 工具，涵盖数据库信息、列表、检索、搜索、ID 转换、关联与药物交互，帮助完成通路与基因组分析。
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系统化文献综述助手

literature-review
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采用多数据库、系统化流程开展文献综述，核实引用、支持APA/Nature等样式，并生成 AI 结构图，输出专业的 Markdown/PDF 文档，适用于医学、科学与工程研究。
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