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ClinPGx 药物基因组数据库

clinpgx-database
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260
通过 ClinPGx REST API 查询基因-药物关系、CPIC/DPWG/FDA 指南、等位基因功能与频率等临床药物基因组数据，支持个体化用药与临床决策。
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DiffDock 分子对接

diffdock
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457
DiffDock 用扩散模型预测蛋白-配体结合构象与置信度，支持PDB结构、序列及SMILES/SDF输入，适合单复合体对接和批量虚拟筛选，用于基于结构的药物发现。
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DrugBank 数据洞察

drugbank-database
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284
提供 DrugBank 的药物与靶点数据访问，涵盖数据下载、信息查询、药物相互作用网络、靶点与通路分析以及化学相似性比较，支持药理研究与临床安全评估。
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NCBI基因查询助手

gene-database
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273
通过 E-utilities 或 Datasets API 查询 NCBI Gene，按符号或 ID 获取 RefSeq、GO、定位、表型等信息，支持批量检索与注释分析。
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人类代谢物数据库查询

hmdb-database
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345
通过 HMDB 检索 22 万余条人类代谢物信息，可按名称、ID、结构、疾病、标本筛选，获取化学、临床、通路和谱图数据并批量下载，支持代谢组学研究与生物标志物分析。
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Latch生物信息工作流

latchbio-integration
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235
LatchBio Integration 支持用 Python 装饰器构建无服务器生物信息工作流，结合 LatchFile/LatchDir 数据管理、资源调优与 Nextflow/Snakemake 集成，推进生产化流程。
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代谢组学工作台API

metabolomics-workbench-database
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308
通过 REST API 访问 NIH 代谢组学工作台，获取代谢物、RefMet 规范命名、质谱 m/z 检索与研究数据，支持生物标志物与代谢组学分析。
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分子特征化中心

molfeat
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100
Molfeat 提供 100 多种分子特征器与预训练嵌入，可将 SMILES 或 RDKit 分子转换为适合 QSAR、虚拟筛选、相似性搜索与深度学习的数值特征，支持并行、缓存与 scikit-learn 集成。
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病理切片分析工具

pathml
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253
PathML 是面向计算型病理的 Python 工具，支持整张切片读取、染色预处理、空间图谱构建以及多参数免疫荧光数据的机器学习分析。
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Plotly 交互式图表

plotly
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121
Plotly 是 Python 交互式图形库，适合数据探索、仪表盘与汇报，支持提示、缩放、动画和多种导出格式。
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科学期刊图形

scientific-visualization
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451
生成符合期刊规范的科学图形，支持多面板布局、误差线、显著性标记和色盲友好配色，并通过 matplotlib/seaborn/plotly 导出 PDF、PNG 等正式格式。
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单细胞生成建模工具

scvi-tools
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242
提供基于 PyTorch 的概率生成模型，面向单细胞 RNA、ATAC、空间与多模态数据，自动校正批次效应、支持不确定性差异分析，便于与 scanpy 流程对接。
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