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系统发生树重建与分析工具包
phylogenetics
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
275
这是一个完整的系统发生学分析流程,用于重建生物序列(基因、蛋白质)的进化关系。流程涵盖了从多序列比对(MAFFT)到最大似然树构建(IQ-TREE 2),再到可视化和分析(ETE3)的完整生命周期。适用于病毒动力学、微生物基因组学、分子时钟分析等前沿生物信息学研究。
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Hugging Face数据集管理与SQL查询
hugging-face-datasets
sickn33/antigravity-awesome-skills
196
该技能提供了一个全方位的Hugging Face数据集管理工具,支持数据集的初始化、配置和内容流更新。其核心功能是,利用SQL查询功能,允许用户直接在Hugging Face Hub上对数据集进行复杂的查询、过滤、聚合和转换,极大地提升了数据分析和数据管线构建的能力。
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SciPy 科学计算库工具
scipy
sickn33/antigravity-awesome-skills
499
SciPy 提供开源算法和工具,覆盖积分、优化、统计与信号处理等领域,方便科研人员与工程师构建稳定的数值计算应用。
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使用MISP分析威胁态势
analyzing-threat-landscape-with-misp
mukul975/Anthropic-Cybersecurity-Skills
65
本工具利用MISP平台对网络安全威胁态势进行全面分析。它可以查询事件统计、分析IOC类型分布(如IP、域名、哈希),识别主要的威胁行为者和恶意软件家族,并追踪时间趋势。适用于安全运营中心分析师进行事件响应、威胁狩猎和构建检测规则。
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使用Plaso进行取证时间线重建
performing-timeline-reconstruction-with-plaso
mukul975/Anthropic-Cybersecurity-Skills
286
本指南展示了如何使用Plaso(log2timeline)构建全面的数字取证超级时间线。它详细介绍了完整的操作流程,包括处理磁盘镜像和各种日志(MFT、注册表、浏览器历史),生成标准的CSV和JSONL导出文件,并在Timesketch等工具中进行可视化分析,从而实现深入的调查取证。
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AI模型知识结构化提取
bdistill-knowledge-extraction
sickn33/antigravity-awesome-skills
215
bdistill工具能将AI模型的交互过程转化为结构化的知识库。它可以从闭源模型(会话内)和本地开源模型(通过Ollama)提取、结构化并打分特定领域的知识。用户可用于构建可检索的参考数据集、问答对,或生成用于传统机器学习的训练数据。
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流式细胞术FCS文件解析
flowio
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
221
FlowIO是一个用于处理流式细胞术标准文件(FCS)的专业Python库。它能够高效解析FCS文件的复杂元数据,将事件数据提取为NumPy数组,并支持处理各种通道类型(如散射光、荧光等)。该工具是进行流式细胞数据预处理和构建数据分析管道的理想选择。
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基因组区间机器学习工具箱
geniml
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
208
Geniml是一个用于在基因组区间数据(BED文件)上进行机器学习分析的Python工具包。它提供了一系列先进的无监督方法,用于学习基因组区域、单细胞(scATAC-seq)和元数据的嵌入表示。核心功能包括Region2Vec、BEDspace、scEmbed等,支持构建共识峰集(Universe),可用于基因组学研究中的聚类和特征提取。
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高性能基因组学分析工具
gtars
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
105
Gtars是一个高性能的基因组区间分析工具包,支持Python绑定。它为计算生物学和机器学习应用提供专业模块,用于基因组重叠检测、覆盖度轨道生成(WIG/BigWig)、基因组分词化和单细胞碎片分析。适用于处理BED文件、参考序列验证及构建生物信息学流程。
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生物信息学工作流平台
latchbio-integration
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
160
Latch是一个强大的Python框架,专为构建和部署可扩展的无服务器生物信息学工作流而设计。它允许用户使用Python装饰器定义复杂工作流,无缝集成Nextflow和Snakemake等主流工具,并通过LatchFile/LatchDir管理云数据。平台提供高级资源配置、GPU支持以及用于RNA-seq和AlphaFold等任务的预验证流程,确保计算生物学实验的高可重复性和效率。
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Matchms:质谱相似性与代谢组学分析
matchms
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
460
Matchms是一个功能强大的开源Python库,专用于质谱数据处理和构建分析流程。它可以支持导入多种格式的谱图数据,提供高级过滤功能以标准化数据,并计算多种谱图相似性得分(如余弦相似度)。该工具在代谢物鉴定、谱库搜索和构建可重复的代谢组学流程方面具有极高的应用价值。
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分子动力学模拟流程
molecular-dynamics
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
120
本技能提供分子动力学模拟的完整工作流程,涵盖了系统构建、势场定义、能量最小化和平衡化过程。使用OpenMM和MDAnalysis等专业工具,适用于蛋白质结构稳定性分析、药物结合建模及生物物理学研究。
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