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学术开放科学与可复现性

usenixsec-reproducibility
brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills
357
本指南旨在指导作者完成顶级安全会议要求的“开放科学附录”。它不仅要求系统性地列出所有研究成果物（代码、数据集、配置），更强调记录实验环境、版本依赖和数据生成流程，确保研究结果可以被独立、可信地复现。
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可视化实验评估与设计指南

vis-experiments
brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills
413
本指南为撰写高水平学术论文（如IEEE VIS）提供实验设计和评估流程的详细指导。它帮助作者学习如何根据不同的贡献类型（感知、系统、算法等），设计出具有统计学严谨性、可复现性的实验证据。内容包括对照研究设计、功效分析、效果量报告以及颜色可访问性检查，确保研究结论的科学权威性。
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学术投稿修改回复策略

wber-rebuttal
brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills
70
本指南为学术研究人员提供一套专业的投稿修改回复流程。它指导用户如何系统地处理期刊的修改意见，掌握如何对审稿人的反馈进行分类和优先级排序，并根据不同的审稿人角度（如识别、政策）调整论证重点，用数据和证据撰写有说服力的回复信。
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经济学研究可复现性包

wber-replication-package
brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills
230
该指南指导用户为经济学研究构建一套完整的、可复现的数据和代码包。内容深度契合世界银行经济评论（WBER）的出版标准，详细阐述了数据可用性说明、处理受限发展中国家微观数据、代码版本控制和确保整个分析流程高透明度的关键步骤。
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网络会议成果物提交与评估指南

webconf-artifact-evaluation
brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills
388
本指南详细介绍了在大型网络会议（如WWW）投稿时，如何构建和提交可复现的科研成果物。它涵盖了从数据版本控制、知识产权（如数据许可）、到设计抗网络删除（takedown-resilient）的完整流程，确保学术研究的长期可追溯性和可验证性。
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研究重现与透明度报告包指南

worlddev-replication-package
brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills
445
本指南为世界发展期刊的实证和定性研究提供构建可重现性报告包的流程和标准。它详细介绍了量化数据的代码完整性、数据溯源、去标识化处理，以及定性研究的证据链追溯方法，尤其强调了在保护研究伦理和双匿名评审环境下的透明化实践。
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顶级会议论文评审流程解析

wsdm-review-process
brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills
467
本指南详细解析了顶尖数据挖掘会议（如WSDM）的完整论文投稿和评审机制。深入探讨了混合盲审架构、无回复阶段的影响，以及学术界和工业界审稿人的不同关注点。帮助作者理解从撰写到最终决定所需的关键流程，从而优化论文结构和提升被接受率。
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基因组快速生物信息学搜索工具

gget
affaan-m/ECC
468
gget是一个强大的命令行和Python工具包，用于快速、可重复地在主要的基因组参考数据库（如Ensembl、UniProt）中进行生物信息学搜索。它能让用户快速查询基因元数据、执行初步的BLAST/BLAT比对，并探索相关通路、癌症或疾病模块。该工具尤其适用于初始的数据探索和生成可重复的证据记录，而不是复杂的生产级流程。
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系统性文献综述流程

literature-review
affaan-m/ECC
281
提供一套系统化、严谨的文献综述工作流程。覆盖学术、生物医学和技术领域，指导用户从定义研究问题（如PICO），到制定检索计划、证据筛选、结构化数据提取和主题整合，帮助构建高质量、可复现的综述报告。
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单细胞RNA测序数据分析

scanpy
sickn33/antigravity-awesome-skills
464
Scanpy是一个强大的Python工具包，专用于单细胞RNA测序数据分析。它支持完整的生物学工作流程，包括质量控制、数据标准化、降维（PCA, UMAP, t-SNE）、聚类分析、标记基因鉴定和细胞类型注释。用户可以使用它生成高质量的科学图表。
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科学论文写作与排版

scientific-writing
sickn33/antigravity-awesome-skills
140
这是核心的学术写作工具，用于撰写和修订科学手稿。它支持IMRAD结构和复杂的引用格式，并强调必须结合图形摘要和技术流程图等视觉元素，确保科研论文具备最高的专业性和可读性。
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构建黄金标准标注语料库

building-gold-corpus
maziyarpanahi/openmed
385
本技能用于构建用于评估临床命名实体识别和去标识化模型的黄金标准语料库。它指导用户完成整个标注流程，包括定义标签模式、撰写标注指南、配置标注工具和生成合成临床文本。最终目标是创建结构化、无数据泄露的训练/开发/测试数据集，确保评估的科学性和可重复性。
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