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QuTiP 量子系统模拟工具

qutip
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326
QuTiP 是一个面向开放与封闭量子系统的 Python 仿真工具，提供主方程、量子轨迹、可视化与分析模块，适合物理研究、教学实验与动力学探索。
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高级分子控制

rdkit
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327
RDKit 是 Python 化学信息学库，支持读取/写入分子、描述符计算、指纹、子结构搜索、反应变换与 2D/3D 可视化，适合药物发现与计算化学研究。
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Reactome 通路分析助手

reactome-database
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213
调用 Reactome 内容与分析服务（或 reactome2py 客户端）获取通路层级、基因映射、富集/表达分析与疾病机制数据，辅助系统生物学研究。
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科学创想伙伴

scientific-brainstorming
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
346
面向早期研究的对话式思维伙伴，帮助生成新颖假设、发掘跨学科类比、质疑既有假设并梳理实验思路，为科学创意和方法设计提供结构化支持。
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微生物组生物信息工具

scikit-bio
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416
scikit-bio 提供 Python 生物数据工具，支持 FASTA/Newick 等格式读写、序列操作、比对、系统发育树构建及多样性分析，适用于微生物组和群落生态研究。
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统计分析与假设检验指南

statistical-analysis
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267
本技能提供系统性的统计分析流程指导，主要应用于学术研究。它帮助用户选择合适的假设检验方法（如t检验、方差分析、回归等），进行假设前提检查以及效应量计算。功能涵盖从数据诊断到生成符合APA格式的专业报告的全过程。
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美国财政数据接口

usfiscaldata
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333
无需 API key，即可调用美国财政部开放的财政数据接口，获取国债、政府支出、收入、利率、汇率、证券和储蓄债券等指标，适用于财政仪表盘、债务追踪和联邦财务研究。
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cBioPortal癌症基因组数据

cbioportal-database
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328
通过 cBioPortal REST API 查询 TCGA、GENIE 等肿瘤研究的突变、拷贝数、表达和生存数据，可用于癌基因验证、共突变模式分析与临床变量关联研究。
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DepMap 依赖数据探索

depmap
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125
通过 DepMap 查询癌细胞系的 CRISPR Chronos 依赖评分、药物敏感性与基因效应，辅助靶点验证、生物标志物发现与合成致死研究，可用 API 或批量下载进行分析。
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InterPro蛋白注释工具

interpro-database
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174
通过 InterPro REST API 与 Python 示例快速查询蛋白家族、结构域、功能位点等信息，支持功能预测、结构域组合分析以及 GO 注释，服务于蛋白组注释或进化研究流程。
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分子动力学工具

molecular-dynamics
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利用 OpenMM 与 MDAnalysis 建立蛋白或小分子体系，执行能量最小化、均衡和轨迹分析（RMSD、RMSF、接触图与自由能面），为结构生物学与药物结合研究提供数据支撑。
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君主计划疾病知识库

monarch-database
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325
通过 Monarch Initiative API 查询跨物种的疾病-基因-表现型关联，用于罕见病基因发现、表现型映射与模型生物数据整合的研究。
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