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ChEMBL 生物活性查询

chembl-database

K-Dense-AI/claude-scientific-skills

通过 ChEMBL Python 客户端访问化合物、靶点、活性与药物数据，按结构/性质/活性过滤，支撑抑制剂发现与 SAR 分析。

人类代谢物数据库查询

K-Dense-AI/claude-scientific-skills

通过 HMDB 检索 22 万余条人类代谢物信息，可按名称、ID、结构、疾病、标本筛选，获取化学、临床、通路和谱图数据并批量下载，支持代谢组学研究与生物标志物分析。

PDB结构浏览器

K-Dense-AI/claude-scientific-skills

通过 RCSB PDB 搜索蛋白或核酸结构、下载 PDB/mmCIF/Binary 坐标文件、获取实验元数据并批量处理，为药物发现、蛋白工程和结构生物学提供数据支撑。

分子动力学工具

molecular-dynamics

K-Dense-AI/claude-scientific-skills

利用 OpenMM 与 MDAnalysis 建立蛋白或小分子体系，执行能量最小化、均衡和轨迹分析（RMSD、RMSF、接触图与自由能面），为结构生物学与药物结合研究提供数据支撑。

PyTorch 训练秘籍

ml-training-recipes

Orchestra-Research/AI-Research-SKILLs

涵盖体系结构选择、优化器策略、学习率调度、混合精度和调试的 PyTorch 训练方案，适用于大模型、视觉、扩散与生物医药方向的训练与微调，实现高效 GPU 利用。

分子动力学工具

molecular-dynamics

K-Dense-AI/scientific-agent-skills

利用 OpenMM 与 MDAnalysis 建立蛋白或小分子体系，执行能量最小化、均衡和轨迹分析（RMSD、RMSF、接触图与自由能面），为结构生物学与药物结合研究提供数据支撑。

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