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科学文献与研究证据检索
research-lookup
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
328
用于撰写高质量的科学论文或研究简报,系统性地收集和整理外部学术证据。该工具执行深度、多源的学术搜索,生成结构化的研究证据包,包含大量经过验证的参考文献和详细的证据矩阵,适用于文献综述和科学假设的构建。
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单细胞基因组学数据分析工具
scanpy
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
270
这是一个基于AnnData的综合性Python工具包,用于分析单细胞RNA测序数据。它支持完整的生物信息学工作流程,包括质量控制(QC)、数据标准化、降维(PCA, UMAP, t-SNE)、细胞聚类、标记基因鉴定和细胞类型注释。提供了一系列开箱即用的命令行脚本,可将整个流程从原始数据加载到高质量可视化无缝衔接。
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科学研究概念发散与评估
scientific-brainstorming
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
195
这是一个高度结构化的框架,用于生成、组织和透明地评估科学研究概念。它要求用户进行独立发散、明确标注假设、系统讨论,并通过证据辅助评估,帮助用户创建出严谨、可行的研究方案提案,适用于处于早期探索阶段的科研项目。
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科学图表与示意图生成器
scientific-schematics
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
493
这是一个基于AI的专业图表生成工具,可根据自然语言描述自动生成高质量的科学示意图。它尤其擅长绘制神经网络结构、生物信号通路、系统架构图和流程图。系统内置智能迭代和质量审核机制,根据文档类型(如期刊、海报等)进行质量把控,确保输出结果达到发表级标准。
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科学可视化与数据完整性
scientific-visualization
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
210
本技能旨在指导用户创建和审核科学、可访问、可用于出版的高保真图表。核心是维护数据完整性,强调科学原理优于盲从期刊规范。内容涵盖了从定义证据、选择诚实编码(如处理缺失值、不确定性)到使用Matplotlib等库实现最佳实践,确保图表符合WCAG等可访问性标准。
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生物数据分析工具包
scikit-bio
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
402
scikit-bio是一个全面的Python库,专为生物信息学和生物数据分析设计。它提供强大的功能,用于处理DNA、RNA和蛋白质序列,执行复杂的序列比对,构建和分析系统发育树,并进行高级的生态学统计。核心能力包括计算多样性度量、进行降维分析(PCoA)以及处理多种生物学文件格式(如FASTA,Newick)。适用于微生物学、基因组学和生态学研究领域。
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Scikit-learn机器学习指南
scikit-learn
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
204
本技能详细介绍了使用scikit-learn进行经典的机器学习全流程。从有监督学习(分类、回归)到无监督学习(聚类、降维),内容覆盖了数据预处理、模型评估、超参数调优,并指导用户构建生产级的机器学习管道(Pipeline)。
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生存分析与scikit-survival
scikit-survival
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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这是一个用于构建、评估和审计生存模型的综合工具箱。它专注于处理右删失和竞争风险数据,支持Cox PH、生存森林等多种模型。同时,它提供了最佳实践,确保数据预处理和模型评估流程是防数据泄露的,适用于复杂的科学或临床机器学习工作流。
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单细胞组学深度生成模型
scvi-tools
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
129
scvi-tools是一个全面的Python框架,利用深度生成模型和变分推断技术,用于分析单细胞数据的多模态组学数据。它特别适用于进行概率性的批次效应校正、多组学数据整合以及带有不确定性的差异表达分析,支持RNA-seq、ATAC-seq和多组学数据。
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Seaborn统计可视化库
seaborn
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
313
Seaborn是一个基于Matplotlib的高级Python可视化库,旨在生成专业级、可用于发表的统计图表。它专注于“以数据集为中心”的绘图模式,极大地简化了复杂的多变量分析和数据分布探索。用户可以直接使用pandas DataFrame进行操作,轻松创建复杂的面板图和统计图表。
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机器学习模型可解释性
shap
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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SHAP是一种用于解释和审计机器学习模型预测结果的强大技术。它通过计算特征贡献值(SHAP值),量化每个输入特征对模型输出的贡献程度。本技能指导用户选择合适的解释器,处理多输出模型,并生成可视化图表,深入理解模型决策过程。
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离散事件流程模拟建模库
simpy
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
283
SimPy是一个强大的Python库,用于构建、测试和分析有限边界的离散事件流程模拟。它提供了一个事件调度器和建模原始组件,适用于模拟队列系统、物流网络、服务运营等复杂的事件驱动系统,是进行系统科学分析的必备工具。
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