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ChEMBL 生物活性查询

chembl-database
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105
通过 ChEMBL Python 客户端访问化合物、靶点、活性与药物数据，按结构/性质/活性过滤，支撑抑制剂发现与 SAR 分析。
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临床决策支撑文档

clinical-decision-support
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174
面向药企与临床研究者，生成涵盖生物标志物分层队列分析、GRADE分级治疗建议等内容的出版级临床决策支持文档，含统计、循证与合规要求。
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临床试验数据库查询

clinicaltrials-database
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51
通过 ClinicalTrials.gov API v2 按疾病、药物、地点、赞助商或状态查询试验，按 NCT 编号提取详细数据并导出用于研究分析、患者匹配或试验监控。
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ClinPGx 药物基因组数据库

clinpgx-database
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260
通过 ClinPGx REST API 查询基因-药物关系、CPIC/DPWG/FDA 指南、等位基因功能与频率等临床药物基因组数据，支持个体化用药与临床决策。
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ClinVar 变异临床意义查询

clinvar-database
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217
查询ClinVar数据库以获取变异临床意义，通过网页/API访问、FTP批量下载并注释VCF，辅助基因组医学解读。
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COBRApy 代谢建模工具

cobrapy
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384
COBRApy 是用于约束代谢模型重建与分析的 Python 库，涵盖模型导入导出、FBA/FVA、基因与反应敲除、通量采样与生产包络分析，适合系统生物学与代谢工程研究。
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COSMIC癌症突变数据访问

cosmic-database
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355
通过认证获取COSMIC癌症突变数据，包括编码突变、基因普查、突变特征、融合、拷贝数、表达与耐药突变，支撑生信分析与精准肿瘤研究。
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分布式Dask数据处理

dask
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396
Dask 用于超出内存限制的 pandas/NumPy 数据处理，借助 DataFrame、Array、Bag 和 Futures 模块，在单机或集群上并行加速 ETL、日志清洗与分布式计算任务。
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Data Commons 客户端

datacommons-client
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488
提供 Data Commons 的 Python 客户端，可解析实体、查询人口、经济、健康等公共统计数据，并结合 Pandas 处理观测记录，适合探索知识图谱中的统计关系。
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分子机器学习工具集

deepchem
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103
DeepChem 是一个用于分子机器学习的 Python 库，提供数据加载、特征化、切分和建模功能，方便快速构建分子属性预测、MoleculeNet 基准测试以及药物发现和材料设计流程。
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deepTools 高通量测序分析

deeptools
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deepTools 提供 Python 命令行工具集，用于 BAM 转 bigWig、QC、相关性分析及热图和富集等 ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq 可视化分析。
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DiffDock 分子对接

diffdock
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457
DiffDock 用扩散模型预测蛋白-配体结合构象与置信度，支持PDB结构、序列及SMILES/SDF输入，适合单复合体对接和批量虚拟筛选，用于基于结构的药物发现。
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