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系统资源检测与计算策略
get-available-resources
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
364
本技能用于在进行任何计算密集型任务前,自动检测并报告系统所有的计算资源,包括CPU核心数、GPU支持(NVIDIA、AMD、Apple Silicon)、内存和磁盘空间。它不仅提供简单的资源指标,更生成包含战略性、上下文感知建议的JSON报告。这些建议能指导用户在数据分析或模型训练前,做出最佳的计算架构决策,例如是否需要采用Dask进行内存外计算,或选择最佳的并行处理参数。
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生物信息学数据库查询工具
gget
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
481
gget是一个全面的命令行工具和Python库,提供对超过20个生物信息学数据库的统一访问。它允许用户以一致的接口进行基因信息检索、序列分析(如BLAST、BLAT)、结构预测和富集分析等复杂任务。适用于交互式数据探索和构建自动化生物信息学工作流。
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蛋白质糖基工程分析
glycoengineering
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
198
本技能用于专业分析和设计蛋白质的糖基化修饰。它能够扫描蛋白质序列以识别N-糖基化位点和预测O-糖基化热点,支持用户优化治疗性抗体、提高蛋白质稳定性,或进行疫苗抗原设计,是生物药物研发的关键工具。
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高性能基因组学分析工具
gtars
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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Gtars是一个高性能的基因组区间分析工具包,支持Python绑定。它为计算生物学和机器学习应用提供专业模块,用于基因组重叠检测、覆盖度轨道生成(WIG/BigWig)、基因组分词化和单细胞碎片分析。适用于处理BED文件、参考序列验证及构建生物信息学流程。
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数字病理全玻片图像处理库
histolab
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
429
Histolab是一个用于数字病理学领域的全玻片图像(WSI)处理Python库。它能够自动化处理复杂的病理学任务,包括加载多种WSI格式、进行精细的组织区域分割(生成二值掩码),以及从病理切片中提取高质量的、信息丰富的切块。该库支持随机、网格和评分等多重切块策略,非常适合为深度学习模型准备标准化数据集,加速病理研究流程。
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基于LLM的假设生成与测试
hypogenic
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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Hypogenic是一个用于加速科学发现的框架,它能自动化地在复杂表格数据集上生成和测试假设。该工具支持数据驱动(HypoGeniC)、文献深度整合(HypoRefine)以及两者结合(Union)三种模式。适用于需要系统性探索多个理论和模式的领域,如欺骗检测、内容分析和预测建模,极大地提升了科研效率。
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科学假设生成
hypothesis-generation
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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本技能指导用户遵循科学方法论,从观察或初步数据出发,系统性地构建可测试的科学假设。它涵盖了文献检索、证据综合、提出多个竞争假设、评估假设质量(如可证伪性),并设计详细的实验方案。报告中强制要求使用科学示意图进行可视化。
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AI专业信息图表生成器
infographics
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该技能可根据您的自然语言描述,自动生成专业级的、高质量的信息图表。它集成了AI研究(Perplexity Sonar)确保数据准确性,并通过Gemini 3 Pro进行智能质量审核和迭代优化。适用于将复杂的统计数据、流程、报告内容转化为清晰、专业的视觉化图表。
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生物数据管理与分析平台
lamindb
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LaminDB是一个专为生物学复杂数据集设计的开源数据框架。它提供了统一的湖仓架构,确保数据可查询、可追溯、可复现和符合FAIR原则。适用于管理多模态基因组数据(如scRNA-seq、空间转录组学),追踪计算流程,利用生物本体进行数据策展,并集成机器学习工作流。
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生物信息学工作流平台
latchbio-integration
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Latch是一个强大的Python框架,专为构建和部署可扩展的无服务器生物信息学工作流而设计。它允许用户使用Python装饰器定义复杂工作流,无缝集成Nextflow和Snakemake等主流工具,并通过LatchFile/LatchDir管理云数据。平台提供高级资源配置、GPU支持以及用于RNA-seq和AlphaFold等任务的预验证流程,确保计算生物学实验的高可重复性和效率。
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Matchms:质谱相似性与代谢组学分析
matchms
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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Matchms是一个功能强大的开源Python库,专用于质谱数据处理和构建分析流程。它可以支持导入多种格式的谱图数据,提供高级过滤功能以标准化数据,并计算多种谱图相似性得分(如余弦相似度)。该工具在代谢物鉴定、谱库搜索和构建可重复的代谢组学流程方面具有极高的应用价值。
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Python Matplotlib绘图指南
matplotlib
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这是一个关于Python Matplotlib库的全面指南。它教授如何创建各种类型的可视化图表,包括折线图、散点图、热力图和多子图。掌握从基础数据绘图到高级定制(如样式、颜色、多面板布局)的全部流程,适用于科学研究和出版物级别的报告制作。
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