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DNAnexus基因组工作流管理

dnanexus-integration
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
184
该技能提供了一套全面的解决方案，用于构建、运行和自动化复杂的、可复现的基因组学工作流程。它深度集成了`dx`命令行工具、`dxpy` Python SDK以及Nextflow等主流工作流语言。适用于大型生物计算任务的数据传输、作业监控、项目自动化以及确保安全高效的流程执行。
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边界数据探索分析工具

exploratory-data-analysis
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
182
这是一个为科学研究和数据建模前准备的工具。它能在严格的本地安全沙箱内，对CSV、JSON、HDF5、图像等多种格式的数据结构进行边界审计。主要用于检查数据的缺失值、异常值和整体结构，确保数据在模型训练前的完整性和可信度。
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基因组区间机器学习工作流

geniml
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
412
Geniml是一个用于基因组区间数据机器学习和统计工作流的框架。它将坐标、组装序列和模型工件视为明确的“合约”，用于验证数据结构（如BED文件），并规划复杂的本地化运行（如Region2Vec或scEmbed）。该工具注重结果的可复现性、符合生物数据标准，并强调本地处理，避免不必要的网络调用。
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综合地理空间分析工具

geomaster
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
57
这是一个全面的地理空间科学技能包，涵盖了遥感、GIS、空间统计和地球观测机器学习。它支持处理栅格、矢量、点云等多种数据类型（如Sentinel、Landsat），并集成了现代云原生工作流（STAC、COG）。适用于环境监测、城市规划和复杂的空间分析任务。
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GeoPandas地理空间矢量数据处理

geopandas
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
380
本指南是使用GeoPandas进行高级地理空间矢量数据处理的专业手册。它侧重于平面矢量数据的工作流，强调数据溯源、坐标参考系统（CRS）管理和复杂空间操作。详细阐述了处理敏感地理信息时必须遵循的安全和正确性规范，确保开发流程的科学性和可复现性。
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蛋白质糖基工程分析

glycoengineering
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
269
本技能用于专业分析和设计蛋白质的糖基化修饰。它能够扫描蛋白质序列以识别N-糖基化位点和预测O-糖基化热点，支持用户优化治疗性抗体、提高蛋白质稳定性，或进行疫苗抗原设计，是生物药物研发的关键工具。
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数字病理全玻片图像分析

histolab
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
167
Histolab是一个专门用于数字病理学的Python库。它能自动化处理全玻片图像（WSI），实现复杂的组织检测、可定制的切片提取（包括随机、网格、评分机制）和染色标准化。适用于构建高质量、结构化的数据集，用于深度学习模型训练和全面的定量分析。
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LLM辅助假设生成与审计

hypogenic
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
180
该技能用于利用大型语言模型（LLM）和带标签的数据集，迭代地提出和评分文本模式，生成候选假设和任务预测统计。它提供了一套严格的本地审查工作流，强调数据集的哈希审计、配置验证，明确指出其输出仅为候选结果，不能作为科学或临床结论。
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科学假说生成与测试框架

hypothesis-generation
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
276
该框架指导用户将原始观察数据转化为严谨、证据受限且可测试的研究计划。它涵盖了建立研究问题（如PICO）、构建候选假说、提出竞争性解释、定义因果估计量和制定预注册分析方案，旨在帮助用户科学、透明地推进研究，并强调了科学的伦理和方法论边界。
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Latch生物信息学工作流集成

latchbio-integration
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
253
本技能提供了一个全面的框架，用于在Latch平台上构建、注册、调试和运行复杂的生物信息学工作流。它支持Python SDK、命令行接口，并整合了Nextflow和Snakemake等主流工作流引擎。适用于开发、部署和管理数据密集型、高可靠性的计算生物学管道。
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可溯源市场研究报告构建

market-research-reports
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
317
本技能旨在指导用户构建高度可审计、可溯源的市场研究报告。它提供了一个严谨的工作流，要求用户首先明确市场定义、假设和范围，随后将报告中的每一个数据点和论点都关联到原始的、官方的或第一方的证据来源。特别适用于需要高可靠性、严谨学术或商业支撑的市场规模测算和预测场景。
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多格式文档转Markdown结构化工具

markitdown
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
429
MarkItDown是一款轻量级工具，用于将各种异构文档（如PDF、Office、HTML等）转换为结构化的Markdown格式。它专门为文本分析、搜索引擎索引以及大型语言模型（LLM）和RAG系统的数据准备而设计，核心侧重于内容的结构化，而非视觉的完美还原。支持本地文件、数据流和多模态高级提取。
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