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NLP事实到OMOP数据模型转换
etl-to-omop-cdm
maziyarpanahi/openmed
113
本技能负责执行核心的ETL流程,将OpenMed从文本中提取并编码的临床事实(如疾病、药物、测量值)映射到OMOP通用数据模型(CDM)v5.4。它用于在实体提取和源代码编码之后,将非结构化的NLP发现转换为标准化的、符合OMOP规范的记录,供OHDSI进行深度分析。
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提取DICOM元数据和报告文本
extracting-dicom-metadata
maziyarpanahi/openmed
136
本技能用于从DICOM影像文件中提取关键的患者元数据(如姓名、日期)和结构化报告文本。它解决了将医疗影像导入自然语言处理(NLP)流程的痛点,是进行数据脱敏和临床文本分析的必要前置步骤。
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提取和处理FHIR R4临床记录
fetching-fhir-resources
maziyarpanahi/openmed
371
该技能用于从FHIR R4电子病历API(如Epic, Cerner)中提取和处理未结构化的临床病历和报告。它负责处理分页查询、解码Base64附件(PDF, TXT)以及提取叙事文本。随后,文本会被传递给OpenMed流程进行符合HIPAA标准的去标识化和自然语言处理分析,从而将原始临床记录转化为可分析的结构化洞察。
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合成替代数据去标识化
generating-synthetic-surrogates
maziyarpanahi/openmed
121
本技能用于将临床文本中的受保护健康信息(PHI)替换为逼真的、类型匹配的合成替代数据。与简单遮蔽不同,替代数据保持了文本的自然可读性和结构,确保数据在后续的NLP处理、质量保证或人工审阅时仍然可解析。它支持一致性和自定义生成器,适用于需要可读的去标识化场景。
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C-CDA 临床文档解析与处理
parsing-ccda-documents
maziyarpanahi/openmed
417
用于解析从电子病历系统导出的C-CDA/CCD XML临床文档。该工具能够提取文档中的叙述文本和编码条目,并按LOINC代码和模板ID进行关联。它支持XML级别的去标识化处理,是进行后续自然语言处理(NLP)分析前的关键数据预处理步骤。
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解析HL7 v2消息用于OpenMed
parsing-hl7v2-messages
maziyarpanahi/openmed
125
本技能负责解析复杂的管道分隔符HL7 v2.x消息(如ADT、ORU等),将其解构为结构化的片段和字段。它特别适用于从接口引擎接收的HL7数据流,能提取并暴露嵌入的临床叙事文本(如OBX-5和NTE-3),供后续的自然语言处理(NLP)分析。同时,也提供了保留原生HL7结构的同时,对受保护健康信息(PHI)进行脱敏处理的功能。
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