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现代数据工程

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构建批流一体的可扩展数据管道和现代数据平台，结合 Spark、dbt、Airflow 及云原生服务实现数据仓库、湖仓、治理与质量保障。

MaintainX 数据处理

maintainx-data-handling

jeremylongshore/claude-code-plugins-plus-skills

提供 MaintainX 与其他系统间的数据同步、ETL 模式及数据一致性管理建议，包括管道、导出与校核工具的实践与配置示例。

Arboreto基因调控网络

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Arboreto利用GRNBoost2/GENIE3从批量或单细胞RNA-seq表达数据中推理转录因子与靶基因调控关系，支持TF筛选与Dask分布式运行，输出排序链接供后续分析。

NGS 数据可视化利器

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deepTools 提供命令行 Python 工具链，可将 BAM 转为标准化覆盖、完成 QC（指纹、相关、PCA）、比对样本，并绘制 ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq 的热图与轮廓等可视化，支持常见流程模板。

ENA序列访问

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通过 REST 接口或 FTP 访问欧洲核苷酸档案库，快速获取 DNA/RNA 序列、原始读段、组装体、注释和分类信息，便于科研或生信流水线集成。

PyDESeq2 差异表达分析

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PyDESeq2 将 DESeq2 差异表达流程搬到 Python 中，可加载批量 RNA-seq 计数、设定设计公式、拟合模型、执行 Wald 检验并做 FDR 校正，支持 apeGLM 收缩及与 pandas/AnnData 流程衔接，便于导出基因级统计结果。

Scanpy 单细胞分析流程

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Scanpy 是一个可扩展的 Python 工具包，用于处理单细胞 RNA-seq 数据，包含质控、归一化、降维、聚类、标志基因识别、细胞类型注释及高质量可视化，适用于 h5ad/10X/CSV 格式。

科学出版可视化工具

scientific-visualization

K-Dense-AI/claude-scientific-skills

借助 matplotlib、seaborn 和 plotly 生成论文级图像，支持多面板、显著性标注、色盲友好配色与各类期刊所需的格式和分辨率导出。

scVelo RNA速度轨迹分析

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面向单细胞 RNA-seq 的 RNA 速度分析工具包，通过建模未剪接/已剪接转录本动力学推断细胞分化方向、潜在时间和驱动基因，可与 Scanpy 流程联动。

语义学者论文搜索

semantic-scholar

wanshuiyin/Auto-claude-code-research-in-sleep

通过 Semantic Scholar API 检索 IEEE/ACM/Springer 等已发表会议或期刊论文，提供引用数、会议信息、TLDR 以及与 arXiv 重叠的标注，满足寻找正式出版物的研究需求。

Power BI数据模型设计审查

power-bi-model-design-review

github/awesome-copilot

这是一个全面的Power BI数据模型设计审查工具。它旨在指导用户评估数据模型的架构完整性、关系设计质量、存储模式选择、数据质量和性能优化。适用于任何需要确保BI模型具备高性能、高可维护性和高扩展性的场景。

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