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BRENDA 酶数据库查询

brenda-database

K-Dense-AI/claude-scientific-skills

通过 BRENDA SOAP 接口获取酶的动力学参数、反应方程、底物特异性及环境条件，为生物化学研究、代谢通路构建与酶工程优化提供数据支撑。

高级分子控制

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RDKit 是 Python 化学信息学库，支持读取/写入分子、描述符计算、指纹、子结构搜索、反应变换与 2D/3D 可视化，适合药物发现与计算化学研究。

Reactome 通路分析助手

reactome-database

K-Dense-AI/claude-scientific-skills

调用 Reactome 内容与分析服务（或 reactome2py 客户端）获取通路层级、基因映射、富集/表达分析与疾病机制数据，辅助系统生物学研究。

代谢模型与系统生物学分析

K-Dense-AI/scientific-agent-skills

COBRApy是一个强大的Python库，用于约束性重构与分析（COBRA）。它支持进行代谢模型的构建、模拟和分析，特别适用于系统生物学研究。核心功能包括通量平衡分析（FBA）、通量变异分析（FVA）、基因或反应缺失突变体模拟，以及优化生长培养基。支持SBML、JSON、YAML等多格式代谢模型。

安全实现Foundry Webhook事件处理

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jeremylongshore/claude-code-plugins-plus-skills

本技能指导如何为外部系统实现对Palantir Foundry的Webhook事件处理。它涵盖了从通过API注册Webhook、执行签名验证（防止重放攻击），到实现事件类型路由和使用Redis保证幂等性处理的完整流程。适用于需要实时响应Foundry Ontology对象变更、数据集更新或构建完成的自动化数据工作流。

通路和基因集富集分析

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用于对基因列表或排名基因数据进行全面的通路和基因集富集分析。该工具支持富集分析（ORA）、基因集富集分析（GSEA）等多种方法，可识别与生物学通路、GO术语等相关联的过代表现基因集。适用于生物信息学研究的后期分析步骤。

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