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NGS数据分析工具包

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用于高通量测序数据分析的Python命令行工具包，支持ChIP-seq、RNA-seq和ATAC-seq等实验。提供质量控制、数据标准化、样本比较和高质量基因组可视化功能，包括bigWig转换和热图分析。

DepMap 癌症依赖性分析

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获取并分析癌症依赖图谱（DepMap）发布数据，涵盖 CRISPR 基因效应、模型注释、组学标志物与 PRISM 药物敏感性，用于癌症选择性依赖、共必需性及候选合成致死分析。

ETE 4 系统发育树分析工具

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分析、操作、比较和可视化系统发育树或层次树。支持Newick/Nexus输入输出、拓扑编辑、Robinson-Foulds比较、基因树进化事件分析、NCBI/GTDB分类学查询和出版渲染。适用于对齐和推断后已有的树，不用于从原始序列推断。

探索性数据分析

exploratory-data-analysis

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对明确支持的本地科学数据文件执行有界探索性分析，包括 CSV/TSV/JSON 概况、可选的 NumPy、HDF5、FASTA/FASTQ 与图像元数据检查、缺失/泄漏审计及 EDA 报告模板。

FlowIO 流式细胞术文件读写

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使用 FlowIO 读取、检查和写入流式细胞术标准（FCS）2.0、3.0 和 3.1 文件。可提取 HEADER、TEXT、ANALYSIS 及通道元数据，将事件数据导出为 NumPy 数组，处理多数据集旧版文件，并生成 FCS 3.1 list-mode 文件。补偿、转换与门控等分析请使用 FlowKit。

Geniml 基因组区间机器学习工作流

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面向本地基因组区间机器学习工作流：校验 BED 与 universe 数据契约、规划 Region2Vec/scEmbed 训练、检查模型与分词器兼容性，并评估共识 universe，全程离线可审计。

地理空间分析工作流

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提供遥感、矢量与栅格 GIS、空间统计、地形与网络分析以及地球观测机器学习的空间研究工作流，支持 Python、R、Julia 等多种语言。

GeoPandas 矢量数据审计

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面向 Python 的 GeoPandas 工作流指南与本地审计工具，覆盖 GeoSeries、GeoDataFrame、空间运算、CRS 处理与矢量数据读写，并提供来源校验、几何有效性、隐私脱敏等安全门禁。

生物信息学数据库查询工具

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gget 是一个命令行和 Python 包，提供对 20 多个基因组数据库和分析方法的统一访问。支持查询基因信息、序列分析、蛋白质结构、病毒序列、表达数据和疾病关联。适用于交互式探索和简单查询，提供命令行和 Python 函数接口，方便生物信息学工作流。

蛋白质糖基化工程

glycoengineering

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分析和改造蛋白质糖基化。扫描N-糖基化序列子，预测O-糖基化热点，并访问精选糖工程工具，用于抗体优化和疫苗设计。

Gtars 基因组区间工具包

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Gtars 用于本地基因组区间建模、集合运算、重叠计数、共识覆盖、标记化、片段处理以及 refget/BEDbase 规划，支持 Python、Rust 和 CLI。

Histolab 全切片图像分块提取

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面向数字病理全切片图像（WSI）的 Python 库，支持组织检测、切片分块提取、图像滤波与染色归一化，适合为深度学习准备 H&E 数据集及快速的分块分析。

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