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TileDB基因变异数据管理器
tiledbvcf
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
411
TileDB-VCF是一款高性能的基因组变异数据管理工具,基于TileDB技术。它能够高效、可扩展地存储和检索基因组变异数据(VCF/BCF),支持增量式样本添加、跨区域和样本的并行查询,是进行群体基因组学和队列研究的理想选择。
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科学AI资源发现中心
hugging-science
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
81
专为科学研究领域的机器学习(ML)用户设计。它提供了一个经过筛选的资源目录,包含生物、化学、基因组学和医学等领域的优质数据集、预训练模型和交互式演示。帮助研究人员高效发现和利用专业科学AI/ML资源。
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批量RNA-seq全流程分析
bulk-rnaseq
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
469
该技能提供了一个端到端、高度可复现的批量RNA-seq差异表达分析工作流。它负责协调整个流程,指导用户从原始FASTQ测序数据开始,经过质量控制(QC)、修剪、比对(STAR/Salmon)、定量,生成基因水平计数矩阵,最终执行差异表达分析和通路富集分析。适用于需要稳健、统计学可靠且全过程可记录的实验分析。
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通路和基因集富集分析
pathway-enrichment
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
159
用于对基因列表或排名基因数据进行全面的通路和基因集富集分析。该工具支持富集分析(ORA)、基因集富集分析(GSEA)等多种方法,可识别与生物学通路、GO术语等相关联的过代表现基因集。适用于生物信息学研究的后期分析步骤。
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1000基因组项目个体变异查询
onekgpd
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
258
该技能用于对1000基因组项目(1000 Genomes Project)数据集进行个体级别的基因变异查询。用户可以查询特定区域内携带的基因变异,或找出携带特定变异的个体。它支持计算个体间亲缘关系,并结合等位基因频率、AlphaMissense等多种注释进行深度分析,适用于遗传学和生物信息学研究。
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