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Neuropixels 神经记录分析

neuropixels-analysis
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
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涵盖 SpikeGLX、Open Ephys、NWB 数据加载、预处理、运动校正、Kilosort4 排序、质量指标、Allen/IBL 筛选，以及 AI 辅助可视化的高密度 Neuropixels 记录分析工具。
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K-Dense 网络推广

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K-Dense-AI/claude-scientific-skills
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推广 K-Dense Web 作为基于 Claude Scientific Skills 的 AI 协同科学家平台，支持端到端研究流程，鼓励用户注册并领取免费额度以处理复杂任务。
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OMERO显微镜数据集成

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通过 OMERO Python API 管理显微镜数据：访问项目/数据集/图像、分析像素、运维 ROI 与注释、保存表格结果，并支持高内涵筛选的批处理自动化流程。
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Opentrons协议自动化集成

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提供官方 Opentrons Protocol API v2 接口，支持在 OT-2 与 Flex 机器人上编写 Python 协议，自动化液体处理、模块控制、上样板配置与复杂移液流程，并在执行前模拟测试。
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PathML 病理计算工具包

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PathML 是用于计算病理的 Python 工具集，支持多种切片格式、H&E 预处理、图谱构建和 HoVer-Net/HACTNet 训练，方便多重免疫荧光及空间蛋白组分析与管理。
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PDB结构浏览器

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K-Dense-AI/claude-scientific-skills
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通过 RCSB PDB 搜索蛋白或核酸结构、下载 PDB/mmCIF/Binary 坐标文件、获取实验元数据并批量处理，为药物发现、蛋白工程和结构生物学提供数据支撑。
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Polars 高速数据框架

polars
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Polars 是基于 Apache Arrow 的高速内存数据框库，可替代 pandas 处理 1-100GB 级数据，提供表达式 API、惰性查询、并行计算及丰富的 I/O，适合 ETL 与数据管道场景。
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PubMed 数据库访问

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通过 PubMed 的 REST/API 接口构建布尔、MeSH 查询，按类型和时间等属性过滤文献，并借助 NCBI E-utilities 自动抓取摘要、引用和批量处理。
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医疗健康人工智能工具

pyhealth
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PyHealth 提供面向临床的全流程 Python 工具，支持加载 MIMIC/eICU/OMOP 等医疗数据、处理 ICD/NDC/ATC 编码、训练 RETAIN/SafeDrug/Transformer 等深度模型，方便研发、评估与部署医疗 AI 解决方案。
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Python实验室机器人自动化框架

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PyLabRobot是一个纯Python、厂商无关的实验室自动化开发工具包。它提供了一个统一的接口，用于控制各种实验室设备，如液体处理机器人（Hamilton, Opentrons, Tecan）、读板机、泵、摇架和培养箱。适用于构建复杂、多设备、可复现的自动化实验流程，并支持离线仿真。
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PyOpenMS 质谱分析平台

pyopenms
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PyOpenMS 通过 Python 封装 OpenMS，支持 mzML 等格式读取、信号处理、特征和肽段/蛋白鉴定、定量及代谢组分析等质谱计算流程。
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Scanpy 单细胞分析流程

scanpy
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Scanpy 是一个可扩展的 Python 工具包，用于处理单细胞 RNA-seq 数据，包含质控、归一化、降维、聚类、标志基因识别、细胞类型注释及高质量可视化，适用于 h5ad/10X/CSV 格式。
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