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ImageMagick 图像处理

image-manipulation-image-magick
github/awesome-copilot
130
使用 ImageMagick 在多平台上处理图像，可获取元数据、转换格式、调整尺寸、生成缩略图并批量操作，适合壁纸和大量照片处理场景。
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论文至会议演示幻灯片

presenting-conference-talks
Orchestra-Research/AI-Research-SKILLs
395
本技能能够将一份完整的学术研究论文，高效转化为专业的会议演示幻灯片。它提供两种输出格式：用于精美排版的Beamer LaTeX PDF和可编辑的PPTX。支持多种演讲类型（海报、重点、口头报告、邀请报告），并包含详细的演讲结构和讲稿指南，是学术研究人员准备大型会议演讲的必备工具。
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代谢模型与系统生物学分析

cobrapy
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
137
COBRApy是一个强大的Python库，用于约束性重构与分析（COBRA）。它支持进行代谢模型的构建、模拟和分析，特别适用于系统生物学研究。核心功能包括通量平衡分析（FBA）、通量变异分析（FVA）、基因或反应缺失突变体模拟，以及优化生长培养基。支持SBML、JSON、YAML等多格式代谢模型。
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DeepChem：分子结构与化学计算

deepchem
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DeepChem是一个综合性的Python库，专为将机器学习应用于化学、材料科学和生物学等领域设计。它支持分子属性预测（如ADMET、毒性），利用图神经网络（GNNs）训练模型，并处理多种分子数据格式（SMILES, SDF）。该库提供了丰富的特征化选项，是药物发现和计算化学研究的强大基础工具。
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系统发育树分析与可视化工具包

etetoolkit
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ETE工具包是一个全面的系统发育学分析平台，用于处理和分析层级树结构。它支持多种树格式（Newick, NHX），提供检测演化事件（如重复和分化）、识别直系同源基因和旁系同源基因等高级功能，并可与NCBI数据库集成，生成高质量的生物学图表。
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综合科学数据探索分析

exploratory-data-analysis
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适用于分析任何专业的科学数据文件。支持超过200种主流格式，涵盖化学、生物信息学、显微成像、光谱学等多个领域。它能够自动识别文件类型，评估数据质量和结构，并生成详细的Markdown报告，为用户提供深入的洞察和后续分析建议。
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地理空间数据分析工具

geopandas
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这是一个强大的Python库，用于对矢量地理空间数据进行复杂的空间分析。它支持处理Shapefile、GeoJSON等多种格式，能够执行空间连接、缓冲区分析、区域叠加、CRS转换等高级地理信息系统（GIS）操作，是地理数据科学和制图项目不可或缺的工具。
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多格式文件转Markdown

markitdown
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MarkItDown是一款强大的文件转换工具，支持PDF、Word、PPT、图片、音频、表格等超过15种格式。它能将复杂的文档内容提取并转换为结构清晰、对大型语言模型（LLM）极度友好的Markdown格式，是实现多源数据内容结构化和AI应用的关键步骤。
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质谱数据分析与化合物鉴定

matchms
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Matchms是一个开源的Python库，用于全面的质谱数据处理和分析。它支持导入多种格式的谱图，核心功能包括计算谱图相似性得分、进行数据标准化过滤，并帮助用户在代谢组学等领域识别未知化合物。
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复杂网络与图谱分析

networkx
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NetworkX是Python生态系统中的核心库，用于创建、分析和可视化复杂的网络图谱。它支持处理社会网络、生物网络、交通系统等多种关系结构。用户可以使用它计算最短路径、中心性、社区结构等高级图论算法，并支持多种数据格式的读写，是网络科学研究的必备工具。
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开源笔记：私密AI研究分析平台

open-notebook
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Open Notebook是一款自托管、开源的AI研究分析工具，是Google NotebookLM的优秀替代品。它支持摄入PDF、视频、网页等多种格式的资料，并将其组织成私密知识库。核心功能包括上下文感知的AI聊天、自动总结、多说话人播客生成，以及通过完整的REST API提供程序化访问。通过自托管部署，确保了数据的完全私密性与安全性，并支持多种主流AI模型。
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计算病理学全流程分析工具包

pathml
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PathML是一个全面的计算病理学Python工具包，专为全流程病理图像分析设计。它支持加载160多种专有WSI格式，并提供从 stain 归一化、细胞核分割到构建空间图谱等核心功能。特别适用于多重免疫荧光和空间蛋白质组学的深度学习模型训练与大规模生物医学图像分析。
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