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系统发育树工具包

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ETE 工具包提供系统发育树操作、进化事件检测、NCBI 分类信息集成以及高质量图形化展示，助力系统发育组学研究与聚类分析。

GeoPandas空间分析工具

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GeoPandas 在 pandas 基础上提供地理矢量数据处理能力，可读写多种格式、投影、空间连接与叠加、缓冲与可视化，适合街区分析、地图制作与 PostGIS 集成工作。

KEGG REST 工具集

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提供 KEGG REST API 的 Python 工具，涵盖数据库信息、列表、检索、搜索、ID 转换、关联与药物交互，帮助完成通路与基因组分析。

LabArchives API 实验记录集成

labarchive-integration

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通过 REST API 与 LabArchives 实验记录本集成，自动化备份、条目与附件管理、报告生成，并与 Protocols.io、Jupyter、REDCap 等科研工具同步，实现程序化的实验记录工作流。

药化过滤工具集

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Medchem 是一个 Python 库，用于执行药物可行性规则、结构告警、复杂度评估和自定义约束，对化合物库进行并行筛选，辅助先导化合物优化与质量审查。

PyHealth 医疗 AI 工具包

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PyHealth 提供面向电子病历、信号、影像与编码数据的临床预测模型开发、训练、评估与部署能力，包含标准化数据集、任务、模型与解释、校准等模块，适合医疗 AI 场景。

Pymoo 多目标优化框架

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Pymoo 是一个 Python 多目标优化框架，提供 NSGA-II/III、MOEA/D 等算法、可定制遗传操作、标准测试集与可视化工具，帮助工程设计在冲突目标下寻找 Pareto 解并处理约束问题。

Pysam 基因组工具集

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Pysam 提供 htslib 的 Python 绑定，读取/写入 SAM/BAM/CRAM、VCF/BCF、FASTA/FASTQ，查询区域、计算覆盖度并支持 samtools/bcftools，便于构建 NGS 数据分析流程。

Python 生存分析工具集

scikit-survival

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基于 scikit-survival 的完整生存分析指南，涵盖删失数据处理、Cox/集成/SVM 模型构建以及 C 统计量、时间依赖 AUC、Brier 得分等评估，适用于临床和可靠性领域的时间事件建模。

Pyzotero Zotero 管理工具

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Pyzotero 利用 Zotero Web API v3 让 Python 脚本可读写库中的条目、集合、标签及附件，便于自动化生成引文、上传 PDF 和构建与 Zotero 集成的科研流程。

糖基化工程助手

glycoengineering

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分析蛋白序列中的N-糖基化位点与O-糖基化热点，集成NetOGlyc等工具，辅助抗体、治疗蛋白与疫苗的糖基化工程设计。

并行网页研究

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并行网页研究工具通过 Parallel Chat 和 Extract API 搜索互联网、采集市场与技术情报、生成带引文的摘要，非常适合需要全面调研或信息汇总的场景。

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