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基因调控网络推断

arboreto
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
402
使用可扩展的 GRNBoost2 和 GENIE3 算法，从批量或单细胞转录组数据中推断基因调控网络，识别转录因子与靶基因的调控关系，并支持分布式计算。
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Biopython 生物信息学工具包

biopython
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
284
Biopython 是一个综合性的 Python 分子生物学工具包，用于序列操作、文件解析（FASTA/GenBank/PDB）、系统发育分析以及通过 Entrez 编程访问 NCBI/PubMed。适用于批量处理、自定义生物信息学流程和 BLAST 自动化。
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DiffDock 分子对接

diffdock
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
476
基于扩散模型的分子对接工具，可根据蛋白质 PDB 结构或序列与配体 SMILES/SDF/MOL2 预测小分子的三维结合构象。适用于单体系对接、批量虚拟筛选与置信度评估，但不用于结合亲和力预测。
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MarkItDown 文档转换工具

markitdown
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
395
使用 Microsoft MarkItDown 将 PDF、Office、HTML、CSV、EPUB 等异构文档转换为保留结构的 Markdown，适用于文本分析、检索与 LLM/RAG 数据摄取。涵盖本地及流式转换、批量处理、插件、OCR、Azure 提取与 MCP 服务器集成。
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Alchemy链上数据性能优化

alchemy-performance-tuning
jeremylongshore/claude-code-plugins-plus-skills
188
本指南提供了使用Alchemy SDK优化区块链交互的高级策略。内容涵盖了基于TTL的响应缓存实现、多链并行数据获取、利用批量API调用（如NFT元数据）来降低计算成本，以及采用WebSocket进行实时事件订阅。这对于构建高性能、低延迟的去中心化应用（dApps）至关重要。
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Anthropic流式与批量处理工作流

anth-core-workflow-b
jeremylongshore/claude-code-plugins-plus-skills
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本指南教授如何构建基于Anthropic API的高级工作流。它涵盖了两种核心模式：一是用于交互式UI的实时流式传输（SSE事件），二是消息批量API（Message Batches），可实现异步、成本更低的超大规模数据批处理。提供了Python和TypeScript的代码示例。
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Anthropic Claude成本优化指南

anth-cost-tuning
jeremylongshore/claude-code-plugins-plus-skills
393
本指南提供了优化Anthropic Claude API使用成本的全面策略。涵盖了模型路由（根据任务选择最经济的模型）、提示词缓存（减少重复输入成本）、批量处理（处理异步任务）以及实时支出跟踪与预算预警。适用于需要管理大规模、高成本AI应用部署和精确预算控制的场景。
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Anthropic事件流与异步处理

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jeremylongshore/claude-code-plugins-plus-skills
236
本技能涵盖了使用Anthropic Claude API实现事件驱动架构的关键模式。它详细介绍了两种高级处理方式：用于实时流式传输的SSE事件，以及用于批量、异步处理的大规模消息批次API。适用于构建实时聊天界面或需要处理大量数据的后台任务。
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Bright Data爬虫性能调优

brightdata-performance-tuning
jeremylongshore/claude-code-plugins-plus-skills
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本指南提供一套完整的Bright Data爬虫性能优化方案。内容涵盖了高效的连接池管理、响应缓存机制、异步并发控制和批量API调用等高级技术。适用于需要处理大规模数据、提升爬取效率或解决API响应延迟的开发场景。
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Anthropic API成本优化指南

clade-cost-tuning
jeremylongshore/claude-code-plugins-plus-skills
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本指南详细介绍了在使用Anthropic Claude API时降低成本的专业策略。内容涵盖了根据任务复杂度选择合适的模型（Haiku, Sonnet, Opus）、实施提示词缓存、利用消息批量处理，以及高效的令牌数量削减技巧，帮助开发者构建成本效益更高的AI应用。
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Claude高吞吐量应用扩展指南

clade-load-scale
jeremylongshore/claude-code-plugins-plus-skills
206
本指南旨在指导开发者如何将Claude API集成到高吞吐量、企业级的应用中。它涵盖了四种关键扩展策略：使用消息批次（Message Batches）进行批量处理、利用并发控制（如p-limit）管理请求队列、升级速率限制等级，以及根据需求选择最合适的模型，确保系统稳定、高效运行。
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Anthropic API速率限制处理指南

clade-rate-limits
jeremylongshore/claude-code-plugins-plus-skills
294
本指南详细介绍了如何处理Anthropic API的速率限制（RPM、TPM）。它涵盖了如何解读API响应头、实现健壮的指数退避机制，以及如何通过批量消息处理和缓存等优化策略，确保在高并发环境下API调用的稳定性和可靠性。
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