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ESM 蛋白质语言模型

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使用 esm Python SDK 和 ESM3/ESMC 模型进行蛋白质序列生成、嵌入提取、功能注释、结构预测与逆折叠，并支持 Forge/Biohub 云端推理工作流。

ETE4 系统发育树工具包

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使用 ETE 4 分析、编辑、比较、注释和可视化系统发育树：支持 Newick/Nexus 读写、定根与修剪、Robinson-Foulds 拓扑比较、基因树进化事件推断、NCBI/GTDB 分类学查询以及 SmartView 交互渲染与出版级出图。

探索性数据分析

exploratory-data-analysis

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对支持的科学文件（如 CSV、JSON、HDF5）进行有界本地探索性分析。检查元数据、缺失值和异常值，不执行代码或访问网络。生成确定性报告，用于建模前的数据验证。

FlowIO 流式细胞数据读写

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使用 FlowIO 1.4.0 在 Python 中读取、检查与写入流式细胞术标准（FCS）2.0/3.0/3.1 文件。支持元数据与通道检查、NumPy 事件数组提取、多数据集文件读取及 FCS 3.1 写出，不涉及补偿、变换或门控分析。

FluidSim 计算流体仿真配置

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规划、配置、验证并分析有界 FluidSim 计算流体动力学仿真，提供数值有效性检查、HPC 安全、FFT/MPI 设置、输出诊断与重启兼容性支持。

AI 图像生成与编辑工具

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通过 OpenRouter API 调用多种 AI 模型生成和编辑图像。支持创建照片、插画、Logo 及概念艺术，适用于视觉资产制作。需配置 API 密钥，支持命令行操作。

综合地理空间分析技能

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该技能涵盖地理空间科学，包括遥感、GIS、空间分析和地球观测机器学习。支持卫星影像处理、矢量与栅格数据操作、空间统计及点云处理。用户可利用云原生工作流和多种编程语言，配合 500+ 代码示例。适用于地形分析、水文建模及海洋空间分析任务。

系统资源检测工具

get-available-resources

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检测主机资源库存，包括 CPU、内存、磁盘和加速器限制，用于资源感知规划。生成去敏 JSON 快照，无需压力测试或假设硬件可用性。支持 Python 3.11+ 在 Linux、macOS 和 Windows 上运行。包含工作负载规划助手和保守容量估算。

gget 生物信息查询工具

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统一的命令行与 Python 工具，可快速查询 20 多个生物信息数据库，支持基因信息检索、BLAST/BLAT 比对、病毒序列下载、AlphaFold 结构预测、富集分析及疾病与表达数据查询。

Gtars 基因组区间工具包

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Gtars 用于本地基因组区间建模、集合运算、重叠计数、共识覆盖、标记化、片段处理以及 refget/BEDbase 规划，支持 Python、Rust 和 CLI。

Histolab 全切片图像分块提取

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面向数字病理全切片图像（WSI）的 Python 库，支持组织检测、切片分块提取、图像滤波与染色归一化，适合为深度学习准备 H&E 数据集及快速的分块分析。

科学研究假设生成

hypothesis-generation

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该技能帮助构建有证据支持的科学问题和候选假设。它将观察转化为透明、可测试的研究计划，不将假设视为事实。它区分观察、机制和预测，确保严谨的研究设计和安全合规。

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