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多格式文件转Markdown

markitdown
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MarkItDown是一款强大的文件转换工具，支持PDF、Word、PPT、图片、音频、表格等超过15种格式。它能将复杂的文档内容提取并转换为结构清晰、对大型语言模型（LLM）极度友好的Markdown格式，是实现多源数据内容结构化和AI应用的关键步骤。
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质谱数据分析与化合物鉴定

matchms
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Matchms是一个开源的Python库，用于全面的质谱数据处理和分析。它支持导入多种格式的谱图，核心功能包括计算谱图相似性得分、进行数据标准化过滤，并帮助用户在代谢组学等领域识别未知化合物。
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Matplotlib：Python科学绘图库

matplotlib
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Matplotlib是Python核心的可视化库，用于创建高度定制化的静态、动态和交互式图表。它支持多种图表类型（如折线图、散点图、热力图、3D图），提供面向对象和pyplot两种接口。适用于科研数据分析、生成高质量出版物图表以及构建复杂的子图布局。
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药物化学分子筛选与过滤

medchem
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Medchem是一个功能强大的Python库，专用于药物发现领域的分子过滤和优先级排序。它支持应用严格的药代动力学规则（如Lipinski、Veber），检测结构警报（PAINS、NIBR），计算复杂性指标，并通过自定义查询语言对化合物库进行多维度分级筛选，适用于先导化合物优化。
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复杂网络与图谱分析

networkx
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NetworkX是Python生态系统中的核心库，用于创建、分析和可视化复杂的网络图谱。它支持处理社会网络、生物网络、交通系统等多种关系结构。用户可以使用它计算最短路径、中心性、社区结构等高级图论算法，并支持多种数据格式的读写，是网络科学研究的必备工具。
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开源笔记：私密AI研究分析平台

open-notebook
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Open Notebook是一款自托管、开源的AI研究分析工具，是Google NotebookLM的优秀替代品。它支持摄入PDF、视频、网页等多种格式的资料，并将其组织成私密知识库。核心功能包括上下文感知的AI聊天、自动总结、多说话人播客生成，以及通过完整的REST API提供程序化访问。通过自托管部署，确保了数据的完全私密性与安全性，并支持多种主流AI模型。
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Opentrons协议API实验室自动化

opentrons-integration
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用于编写专为Opentrons Flex和OT-2机器人设计的自动化实验室协议。它支持执行复杂的液体处理操作（如吸液、分配、传递），控制多种硬件模块（如恒温器、振荡器），并管理耗材和移液工作流，确保科研和生产流程的无缝自动化。
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计算病理学全流程分析工具包

pathml
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PathML是一个全面的计算病理学Python工具包，专为全流程病理图像分析设计。它支持加载160多种专有WSI格式，并提供从 stain 归一化、细胞核分割到构建空间图谱等核心功能。特别适用于多重免疫荧光和空间蛋白质组学的深度学习模型训练与大规模生物医学图像分析。
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量子机器学习与模拟

pennylane
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PennyLane是一个通用的、与硬件无关的量子计算框架。它支持为量子电路进行自动微分，并用于构建混合量子-经典模型。该工具广泛应用于量子机器学习（如变分分类器）、量子化学模拟（如VQE）和各种变分算法，确保了跨主流量子硬件平台的高兼容性和可移植性。
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基因组数据操作与分析

polars-bio
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这是一个基于Polars的高性能基因组数据处理库。它支持核心区间运算（如重叠、合并、互补）以及主流生物信息学文件格式（如VCF、BAM、BED、GFF）的读写。特别适用于处理超大型、无法一次性加载到内存的基因组数据集，支持流式和云端存储I/O。
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基于HTML/CSS的研究海报制作

pptx-posters
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本技能用于创建基于HTML/CSS的学术研究海报，支持导出为PDF或PPTX格式。它提供现代、响应式的布局，并指导用户生成视觉元素，确保海报内容简洁、文字巨大且高对比度，从而保证从远距离观看时的极佳可读性。
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Protocols.io协议管理集成

protocolsio-integration
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本技能提供与protocols.io API的完整编程集成，用于科学协议的整个生命周期管理。支持搜索、创建、更新协议、管理实验步骤、处理团队协作、组织工作空间和跟踪实验记录，是自动化实验室流程和撰写科学文档的关键工具。
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