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NCBI基因查询助手

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通过 E-utilities 或 Datasets API 查询 NCBI Gene，按符号或 ID 获取 RefSeq、GO、定位、表型等信息，支持批量检索与注释分析。

统一基因组学命令行

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gget 提供统一的命令行和 Python 接口，可以快速访问 20 多个基因组数据库，获取基因信息、BLAST 比对、AlphaFold 结构及富集分析结果，适合交互式探索和简单查询。

人类代谢物数据库查询

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通过 HMDB 检索 22 万余条人类代谢物信息，可按名称、ID、结构、疾病、标本筛选，获取化学、临床、通路和谱图数据并批量下载，支持代谢组学研究与生物标志物分析。

OpenAlex科研文献数据库

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借助 OpenAlex 客户端查询 2.4 亿+ 学术成果，执行文献检索、引用追踪、开放获取发现与计量分析，覆盖论文、作者、机构等实体。

PubChem 化学数据库查询

pubchem-database

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通过 PUG-REST API 或 PubChemPy 查询 PubChem 百万化合物库，按名称、CID 或结构检索性质、相似性/子结构、活性数据，并支持格式互转，适用于化学信息分析与药物筛选。

Pysam 基因组工具集

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Pysam 提供 htslib 的 Python 绑定，读取/写入 SAM/BAM/CRAM、VCF/BCF、FASTA/FASTQ，查询区域、计算覆盖度并支持 samtools/bcftools，便于构建 NGS 数据分析流程。

STRING蛋白互作查询

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通过调用 STRING REST API 查询蛋白互作网络、映射标识符、生成带证据着色的网络图，并对蛋白列表执行 GO/KEGG/Pfam 富集，支持跨物种分析与网络扩展。

TileDB VCF 变体存储

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TileDB-VCF 使用 TileDB 稀疏数组高效管理 VCF/BCF 变异数据，支持增量样本、并行区域查询、云本地存储与导出，适合群体基因组分析与变异数据库构建。

BindingDB 亲和力查询

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通过 BindingDB 的 REST 接口或下载表格获取药物-靶标的 Ki/Kd/IC50/EC50 亲和力数据，辅助靶点驱动的药物发现、SAR 分析、先导化合物评估和基准数据集构建。

cBioPortal癌症基因组数据

cbioportal-database

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通过 cBioPortal REST API 查询 TCGA、GENIE 等肿瘤研究的突变、拷贝数、表达和生存数据，可用于癌基因验证、共突变模式分析与临床变量关联研究。

癌症依赖地图分析

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通过 DepMap API 或下载数据查询癌细胞基因依赖、药物敏感性与基因效应，发现肿瘤特异脆弱点、合成致死关系并验证靶点。

InterPro蛋白注释工具

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通过 InterPro REST API 与 Python 示例快速查询蛋白家族、结构域、功能位点等信息，支持功能预测、结构域组合分析以及 GO 注释，服务于蛋白组注释或进化研究流程。

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