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Benchling 实验室集成套件

benchling-integration

K-Dense-AI/scientific-agent-skills

通过 Benchling SDK/REST 管理 DNA/RNA/蛋白等注册实体、库存、ELN、流程与数据仓库查询，实现实验室数据同步与自动化。

Biopython分子生物工具包

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Biopython 提供序列操作、数据库访问、BLAST 自动化、结构生物信息和系统发育等功能，适合用于编写定制流水线和批量处理的计算分子生物学任务。

生物服务跨库查询

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BioServices 提供统一 Python 接口，调用几十个生信服务，便于跨库查询、ID 映射、通路与序列分析以及复合物检索，适用于整合型生物数据流程。

CELLxGENE普查查询助手

cellxgene-census

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通过程序化接口访问CZ CELLxGENE 61M+细胞数据，按组织、疾病及细胞类型查询表达、元数据、嵌入与统计，便于与scanpy或模型流程结合开展大规模分析。

Cirq 量子计算工具

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Cirq 是 Google Quantum AI 的 Python 框架，用于构建、模拟与运行考虑噪声的量子电路，涵盖电路变换、仿真、实验模板和硬件整合流程，适合面向真实量子设备的开发。

上下文模式个人洞察仪表盘

mksglu/context-mode

该工具可在浏览器中打开个人分析仪表盘，用于深入了解您的工作上下文和使用习惯。它追踪会话活动、工具使用情况、错误率、并行工作模式和项目焦点等关键指标，帮助您分析工作流效率，并识别出可改进的重点领域。

Dask 大数据并行处理

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Dask 是 Python 库，通过并行化 DataFrame、Array、Bag 以及自定义任务，把 pandas/NumPy 工作流扩展到超出内存的规模，可在多核或集群上完成 ETL、日志处理和分布式 ML。

Datamol化学信息工具

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Datamol 提供 rdkit 的 Python 化封装，简化 SMILES/SELFIES/InChI 解析、结构标准化、分子描述符/指纹、聚类、3D 构象、并行批处理及云存储读写等药物发现流程，并保持与 rdkit.Chem.Mol 对象的兼容性。

NGS 数据可视化利器

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deepTools 提供命令行 Python 工具链，可将 BAM 转为标准化覆盖、完成 QC（指纹、相关、PCA）、比对样本，并绘制 ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq 的热图与轮廓等可视化，支持常见流程模板。

DNAnexus 云基因组集成

dnanexus-integration

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通过 DNAnexus 云基因组平台开发 app/applet、管理 FASTQ/BAM/VCF 等数据、运行工作流，并使用 dxpy 自动化脚本，支撑生物医学流水线。

FlowIO 流式细胞标准文件处理

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FlowIO 读写 Flow Cytometry Standard 文件，提取元数据、通道信息与事件数组，并可转换为 CSV/DataFrame，适用于流式细胞术数据预处理与通道校验。

FluidSim 计算流体框架

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FluidSim 是基于 Python 的高性能计算流体力学框架，提供 Navier-Stokes、浅水与分层流的伪谱求解器，集成 FFT、MPI 及输出分析/可视化，适用于湍流、涡旋与地球流体模拟。

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