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ESM蛋白质语言模型与设计

esm
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342
该技能基于ESM（进化尺度模型）系列，为蛋白质组学和计算生物学提供全流程解决方案。核心功能包括：利用ESM3进行蛋白质序列生成（从头设计）、结构预测（序列到3D结构）和逆向折叠（结构到序列设计）。同时，可以使用ESMC模型提取高质量蛋白质嵌入，支持功能注释和高级生物信息学研究。
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地理空间数据分析工具

geopandas
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这是一个强大的Python库，用于对矢量地理空间数据进行复杂的空间分析。它支持处理Shapefile、GeoJSON等多种格式，能够执行空间连接、缓冲区分析、区域叠加、CRS转换等高级地理信息系统（GIS）操作，是地理数据科学和制图项目不可或缺的工具。
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生物数据谱系湖仓管理系统

lamindb
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LaminDB是一个开源的、原生支持谱系追踪的湖仓，专为复杂的生物学数据集和模型设计。它提供统一的功能，用于查询、追踪数据血缘、验证模式，并确保数据符合FAIR标准。适用于管理多模态基因组数据、追踪计算工作流程（如Nextflow），或构建可靠、可重复的生物信息学数据基础设施。
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生物信息学流程构建与部署

latchbio-integration
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Latch是一个强大的Python框架，专用于构建、部署和管理大规模、可扩展的生物信息学工作流。它支持将复杂的分析流程（如RNA-seq、AlphaFold等）作为无服务器管道运行，并集成了云数据管理和精细化的资源配置（GPU、CPU）。特别适合需要复现性、高可靠性的生物数据分析项目。
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Modal：AI/ML无服务器云平台

modal
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Modal是一个专为AI和机器学习工作负载设计的无服务器云平台。它允许用户部署、服务和扩展复杂的模型（如大型语言模型），而无需手动管理底层基础设施。核心功能包括按需接入高端GPU资源、无服务器函数自动伸缩、提供持久化存储，并且整个基础设施都可以纯代码定义，极大简化了开发流程。
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OMERO显微镜数据管理与分析

omero-integration
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该技能提供OMERO平台的综合Python API接口，用于管理和分析大规模显微镜数据集。用户可以通过编程方式访问图像、检索结构化数据、分析原始像素数据、管理感兴趣区域（ROIs）和复杂注释，执行批处理工作流，特别适用于高通量筛选和生物学研究。
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Protocols.io协议管理集成

protocolsio-integration
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本技能提供与protocols.io API的完整编程集成，用于科学协议的整个生命周期管理。支持搜索、创建、更新协议、管理实验步骤、处理团队协作、组织工作空间和跟踪实验记录，是自动化实验室流程和撰写科学文档的关键工具。
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DICOM医学影像数据处理

pydicom
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这是一个用于处理DICOM（数字影像和通信在医学中）文件的Python库。它支持读取、写入和修改CT、MRI、X光等医学影像数据，功能包括元数据提取、像素数据处理、数据匿名化（移除个人身份信息）、多格式转换以及多帧图像处理，是医学数据分析和PACS系统集成的关键工具。
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临床深度学习流程工具

pyhealth
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PyHealth是一个用于临床深度学习的Python工具包，旨在处理电子病历（EHR）、生理信号和医学影像等多模态数据。它基于稳定的五阶段流水线（数据集→任务→模型→训练器→指标），支持用户在医疗领域执行复杂的预测任务，例如预测死亡率、推荐药物、睡眠分期，以及进行ICD/ATC等医疗代码交叉映射。
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医疗治疗方案撰写

treatment-plans
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该工具可为所有临床科室生成高度聚焦、证据支持的医疗治疗方案（LaTeX/PDF格式）。方案强调简洁性、可操作性和HIPAA合规性，适用于慢性病管理、康复治疗和精神卫生等领域，确保制定结构化的护理路径，并自动纳入AI生成的科学示意图。
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权威科学数据库数据检索

database-lookup
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该技能提供了一套完整的科学数据检索工作流，用于查询天文学、环境科学、化学和生物学等领域的权威公共API。它核心目标是确保数据检索过程可复现、可追溯，通过明确的API调用、分页处理和数据出处验证，提供高度可靠的科学事实。
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UI设计系统与提示工程专家

stitch-design
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该专家充当设计系统负责人和提示工程专家，旨在将模糊的创意转化为结构化、高保真的UI设计规范。它通过增强专业UI/UX术语、合成设计系统源文件，并管理多步骤生成工作流，确保设计的专业性和一致性。
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