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系统发育树分析与可视化
etetoolkit
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
70
ETE Toolkit是一个用于分析、操作、比较和可视化系统发育树的Python工具包。它支持Newick/Nexus格式的读写,可用于进行拓扑结构编辑、计算系统发育距离(如Robinson-Foulds),分析谱系事件,并查询NCBI/GTDB等分类学数据库。核心用途是处理和分析已构建的树状图,不用于从原始序列推断树。
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生物信息学数据库查询工具
gget
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
206
gget是一个综合性的命令行和Python工具包,提供对20多个生物信息学数据库的统一访问。它支持基因组学、蛋白质组学和疾病关联等多个领域的深度分析。功能包括基因信息查询、序列比对、结构预测(如AlphaFold)和富集分析,适用于生物信息学科研和自动化流程。
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数字病理全玻片图像分析
histolab
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
167
Histolab是一个专门用于数字病理学的Python库。它能自动化处理全玻片图像(WSI),实现复杂的组织检测、可定制的切片提取(包括随机、网格、评分机制)和染色标准化。适用于构建高质量、结构化的数据集,用于深度学习模型训练和全面的定量分析。
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需求与代码差距分析
kiro-validate-gap
gotalab/cc-sdd
493
本工具旨在分析新功能需求与现有代码库之间的实现差距。它通过对比批准的需求文档、现有架构和系统上下文,帮助用户清晰识别出系统缺失的能力、潜在的集成挑战以及需要补充的研究点。最终输出详细的分析报告,提出多种可行的实现方案,为后续的设计和开发阶段提供坚实的依据。
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实验室档案系统API集成
labarchive-integration
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
298
本工具集提供与LabArchives ELN和库存API的安全编程集成,用于自动化实验室数据管理。它负责管理区域端点选择、处理复杂的签名请求构建(HMAC-SHA-512),并支持用户授权流程,确保科学工作流的可靠和可追溯。
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使用Mermaid绘制文档图表
markdown-mermaid-writing
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
334
本技能提供了一套完整的科学和技术文档编写标准,采用Markdown作为核心格式,并深度整合了Mermaid流程图表。它将图表以文本形式存储,极大地优化了版本控制(如Git)的差异化显示,确保了文档的易读性、可编辑性和跨平台渲染能力。适用于编写报告、架构图、工作流和所有需要版本控制的文档内容。
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无服务器AI/ML云平台
modal
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
376
Modal是一个无服务器云平台,专注于执行Python语言的AI和机器学习工作负载。它提供按需的高性能GPU计算资源(如H100, A100),支持函数式计算、Web API部署、大规模模型训练与推理,以及定时批处理任务,实现代码级别的云原生部署。
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Polars:高性能数据处理框架
polars
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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Polars是一个基于Apache Arrow的高性能数据帧库,专为Python和Rust设计。它提供了表达式式API和惰性求值机制,能够高效处理复杂的数据管道和大规模ETL任务。适用于需要高性能、并行计算,或从Pandas迁移到更优数据处理方案的专业数据分析和工程场景。
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精准医疗知识图谱查询
primekg
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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PrimeKG是一个集成超过20个数据库的综合知识图谱,用于绘制复杂的生物关系。它可以查询包括基因、药物、疾病和表型在内的多尺度数据,是进行药物发现、寻找药物重定位机会以及进行网络药理学研究的强大工具。
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Qdrant分布式扩展与容量规划
qdrant-horizontal-scaling
github/awesome-copilot
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本指南详细介绍了Qdrant向量数据库的扩展架构和容量规划的最佳实践。它指导用户何时进行垂直扩展或水平扩展,如何选择最佳的节点数和分片数量,并指导如何设置复制因子以确保系统的高可用性和零停机时间。同时也涵盖了分片管理和常见误区规避。
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Qdrant性能故障诊断指南
qdrant-monitoring-debugging
github/awesome-copilot
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本指南旨在提供系统化的Qdrant生产环境性能诊断流程。它详细指导用户如何排查三大核心问题:优化器卡死、内存占用过高(OOM)以及查询延迟慢。通过检查关键指标和API端点,帮助运维和开发人员快速定位性能瓶颈,确保系统稳定运行。
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证据驱动的科学手稿撰写
scientific-writing
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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专注于科研手稿的撰写、修订和审核。它能确保所有事实声明必须追溯到已验证的证据ID,管理作者责任制和数据机密性。适用于所有需要高可信度、可追溯性的学术报告、期刊投稿等科研场景。
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