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注释数据矩阵
anndata
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
451
AnnData 提供面向单细胞和注释数据的 Python 容器,支持在一个对象里管理数据矩阵与多维元数据,读取/写入 h5ad/zarr/loom/10X 等格式,并与 scverse 工具配合执行大规模分析。
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Arboreto基因调控网络
arboreto
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139
Arboreto利用GRNBoost2/GENIE3从批量或单细胞RNA-seq表达数据中推理转录因子与靶基因调控关系,支持TF筛选与Dask分布式运行,输出排序链接供后续分析。
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天文数据分析库
astropy
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
188
Astropy 是面向科研的 Python 库,用于处理带单位的物理量、天球坐标、FITS 文件、宇宙学模型、精确时间体系以及表格数据,方便对观测与模拟的天文信息进行转换与分析。
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Benchling 实验室集成套件
benchling-integration
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
266
通过 Benchling SDK/REST 管理 DNA/RNA/蛋白等注册实体、库存、ELN、流程与数据仓库查询,实现实验室数据同步与自动化。
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BGPT结构化论文检索
bgpt-paper-search
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438
BGPT论文检索通过远程MCP服务,从全文提取实验数据和方法、量化结果、样本与质量评分,便于进行系统综述、证据整理和元分析准备。
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Biopython分子生物工具包
biopython
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303
Biopython 提供序列操作、数据库访问、BLAST 自动化、结构生物信息和系统发育等功能,适合用于编写定制流水线和批量处理的计算分子生物学任务。
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bioRxiv 预印本搜索
biorxiv-database
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345
通过关键词、作者、日期和类别筛选 bioRxiv 预印本,输出结构化 JSON 元数据并可下载 PDF,便于文献综述与研究趋势追踪。
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生物服务跨库查询
bioservices
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119
BioServices 提供统一 Python 接口,调用几十个生信服务,便于跨库查询、ID 映射、通路与序列分析以及复合物检索,适用于整合型生物数据流程。
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BRENDA 酶数据库查询
brenda-database
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217
通过 BRENDA SOAP 接口获取酶的动力学参数、反应方程、底物特异性及环境条件,为生物化学研究、代谢通路构建与酶工程优化提供数据支撑。
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CELLxGENE普查查询助手
cellxgene-census
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274
通过程序化接口访问CZ CELLxGENE 61M+细胞数据,按组织、疾病及细胞类型查询表达、元数据、嵌入与统计,便于与scanpy或模型流程结合开展大规模分析。
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ChEMBL 生物活性查询
chembl-database
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通过 ChEMBL Python 客户端访问化合物、靶点、活性与药物数据,按结构/性质/活性过滤,支撑抑制剂发现与 SAR 分析。
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Cirq 量子计算工具
cirq
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Cirq 是 Google Quantum AI 的 Python 框架,用于构建、模拟与运行考虑噪声的量子电路,涵盖电路变换、仿真、实验模板和硬件整合流程,适合面向真实量子设备的开发。
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