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使用Adaptyv平台设计蛋白质实验

adaptyv
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
125
本技能提供Adaptyv Bio Foundry API及Python SDK的使用指南，用于设计、提交和检索蛋白质实验结果。用户可以通过编程方式管理完整的实验生命周期，支持结合分析（BLI/SPR）、热稳定性、表达等多种蛋白质表征实验。
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Aeon时间序列机器学习工具包

aeon
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Aeon是一个兼容scikit-learn的Python时间序列机器学习工具包。它提供了一个统一的API，用于处理时间序列数据的分类、回归、聚类、预测（Forecasting）、异常检测、分段和模式识别等多种高级任务。适用于需要对时间依赖性数据进行专业分析的场景。
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单细胞注释数据分析框架

anndata
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AnnData是一个用于处理单细胞和高维注释矩阵的核心Python框架。它提供了一个标准化的数据结构来存储实验测量值（X）及其丰富的元数据（obs, var）。用户可以使用此工具读取和写入多种格式（如h5ad, zarr），并进行数据子集提取、合并和复杂的分析操作，是生物信息学工作流程的关键工具。
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用Arboreto推断基因调控网络

arboreto
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221
Arboreto是一个强大的Python库，用于从各种基因表达数据集（包括bulk和scRNA-seq）推断基因调控网络（GRNs）。它利用GRNBoost2和GENIE3等高级机器学习算法，支持Dask的分布式计算，适用于分析大规模的转录组学数据。它可以帮助用户识别关键的转录因子-靶基因调控关系。
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天文学数据分析核心库

astropy
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专业的Python天文学与天体物理核心库。提供处理天体坐标、物理单位、FITS文件、时间系统、宇宙学计算和表格数据等全套功能，是进行科学天文学数据分析的必备工具。
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Benchling平台SDK与API集成

benchling-integration
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本工具提供了一套全面的集成方案，用于自动化Benchling云平台中的实验数据管理。它通过Python SDK和REST API，支持对生命科学核心实体进行编程访问，包括注册表管理（DNA、RNA、蛋白质）、库存跟踪、电子实验记录本（ELN）条目、工作流程和数据仓库查询。适用于搭建复杂的自动化流程和大规模的研发数据同步。
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科学论文结构化数据搜索

bgpt-paper-search
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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本工具适用于系统性文献综述和元分析。它能够搜索科学论文，并从全文中提取高度结构化的实验数据，远超传统摘要的限制。可获取包括方法、定量结果、样本量、质量得分和结论在内的25个以上字段，实现全面的证据综合。
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Biopython：生物计算工具包

biopython
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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Biopython是一个全面的Python生物计算工具包，支持分子生物学和生物信息学领域的核心功能。它提供了序列处理、各种格式文件解析（如FASTA、GenBank、PDB）、系统发育树构建、序列比对（BLAST/多重比对）以及通过Bio.Entrez访问NCBI等大型数据库。非常适合构建生物信息学流程和进行基因组学研究。
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生物信息学：多数据库统一接口

bioservices
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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这是一个全面的Python库，提供了对40多个生物信息学数据库（如UniProt, KEGG, ChEMBL等）的编程访问接口。适用于复杂的生物学工作流，包括跨数据库ID映射、代谢通路分析、蛋白质序列检索和序列相似性搜索等，实现数据整合和自动化分析。
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AI智能体自进化引擎

capability-evolver
EvoMap/evolver
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Evolver是一款为AI智能体设计的自进化引擎。它能深入分析运行时的历史记录，识别性能缺陷和效率低点，并自主编写和应用改进方案。其架构通过本地代理信箱（Proxy Mailbox）与EvoMap Hub进行安全通信，适用于构建高度自适应、持续迭代的智能系统。
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大规模单细胞转录组数据查询

cellxgene-census
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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该技能提供对CZ CELLxGENE大型、版本化单细胞和空间转录组数据的程序化访问。用户无需下载整个数据集，即可查询数百万个细胞的基因表达数据，分析不同组织、疾病和物种间的差异。适用于大规模生物信息学分析、机器学习模型训练和跨数据集比较研究。
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量子电路模拟与编程框架

cirq
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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Cirq是Google Quantum AI开发的开源Python框架，用于设计、模拟和运行量子电路。它支持多种硬件后端，并提供了完整的噪声模型、电路优化和参数化实验功能，是进行NISQ设备开发和高级量子计算研究的理想工具。
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