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深层工具：NGS基因组分析平台

deeptools
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deepTools是一个用于处理和分析高通量测序数据的综合命令行工具包。它涵盖了从BAM到bigWig的转换、数据质量控制（QC）、归一化、以及为ChIP-seq、RNA-seq和ATAC-seq等数据生成专业级热图和谱图。是进行可重复基因组学研究流程的必备工具。
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癌症依赖图谱分析工具

depmap
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该工具提供癌症依赖图谱（DepMap）数据接口，基于全基因组CRISPR筛选、RNAi和化合物敏感性实验。可用于查询基因的依赖性评分，识别特定于癌症的脆弱点，预测合成致死作用，并验证肿瘤学药物靶点。
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DNAnexus基因组工作流管理

dnanexus-integration
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该技能提供了一套全面的解决方案，用于构建、运行和自动化复杂的、可复现的基因组学工作流程。它深度集成了`dx`命令行工具、`dxpy` Python SDK以及Nextflow等主流工作流语言。适用于大型生物计算任务的数据传输、作业监控、项目自动化以及确保安全高效的流程执行。
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系统发育树分析与可视化

etetoolkit
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ETE Toolkit是一个用于分析、操作、比较和可视化系统发育树的Python工具包。它支持Newick/Nexus格式的读写，可用于进行拓扑结构编辑、计算系统发育距离（如Robinson-Foulds），分析谱系事件，并查询NCBI/GTDB等分类学数据库。核心用途是处理和分析已构建的树状图，不用于从原始序列推断树。
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流式细胞术FCS文件读写工具

flowio
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FlowIO是一款专用于读写流式细胞术标准文件（FCS 2.0, 3.0, 3.1）的底层工具。它能够帮助用户提取事件数据为NumPy数组，详细检查元数据（包括HEADER、TEXT等），并处理多数据集文件。该工具主要用于数据准备、格式转换和底层元数据管理，是生物信息学流程中的基础组件，但不执行复杂的分析任务如门控或补偿校正。
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计算流体力学模拟与分析

fluidsim
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这是一个用于规划、配置、执行和分析复杂计算流体动力学（CFD）模拟的全面框架，采用伪谱方法。它强制实施了严格的多阶段工作流，引导用户从定义状态方程到生成资源估计、运行试运行和准备MPI作业。适用于高保真科学计算和结果可复现性需求。
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AI图像生成与编辑工具

generate-image
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该技能通过OpenRouter API调用多种先进AI模型（如Gemini, FLUX, GPT-Image等），实现高质量的图像生成与编辑。适用于创作照片级艺术作品、概念图、Logo设计、插画或执行复杂的图像合成与修饰，并支持分辨率、随机种子等多种参数控制。
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基因组区间机器学习工作流

geniml
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Geniml是一个用于基因组区间数据机器学习和统计工作流的框架。它将坐标、组装序列和模型工件视为明确的“合约”，用于验证数据结构（如BED文件），并规划复杂的本地化运行（如Region2Vec或scEmbed）。该工具注重结果的可复现性、符合生物数据标准，并强调本地处理，避免不必要的网络调用。
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综合地理空间分析工具

geomaster
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这是一个全面的地理空间科学技能包，涵盖了遥感、GIS、空间统计和地球观测机器学习。它支持处理栅格、矢量、点云等多种数据类型（如Sentinel、Landsat），并集成了现代云原生工作流（STAC、COG）。适用于环境监测、城市规划和复杂的空间分析任务。
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GeoPandas地理空间矢量数据处理

geopandas
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本指南是使用GeoPandas进行高级地理空间矢量数据处理的专业手册。它侧重于平面矢量数据的工作流，强调数据溯源、坐标参考系统（CRS）管理和复杂空间操作。详细阐述了处理敏感地理信息时必须遵循的安全和正确性规范，确保开发流程的科学性和可复现性。
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生物信息学数据库查询工具

gget
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gget是一个综合性的命令行和Python工具包，提供对20多个生物信息学数据库的统一访问。它支持基因组学、蛋白质组学和疾病关联等多个领域的深度分析。功能包括基因信息查询、序列比对、结构预测（如AlphaFold）和富集分析，适用于生物信息学科研和自动化流程。
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金合云实验室：自动化蛋白质研究平台

ginkgo-cloud-lab
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金合云实验室提供远程访问先进的自主实验室基础设施，用户可以在此提交和管理复杂的分子生物学实验方案。它支持多种应用，包括蛋白质表达和纯化（无细胞、大肠杆菌、毕赤酵母）、定量检测（HiBiT、A280、LabChip）、核酸合成（IVT mRNA/circRNA）以及特性分析（热移谱、Echo-MS、SPR）。该平台还集成了AI智能体，用于评估和定价定制工作流程。
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