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基因组快速生物信息学搜索工具

gget
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468
gget是一个强大的命令行和Python工具包，用于快速、可重复地在主要的基因组参考数据库（如Ensembl、UniProt）中进行生物信息学搜索。它能让用户快速查询基因元数据、执行初步的BLAST/BLAT比对，并探索相关通路、癌症或疾病模块。该工具尤其适用于初始的数据探索和生成可重复的证据记录，而不是复杂的生产级流程。
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系统性文献综述流程

literature-review
affaan-m/ECC
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提供一套系统化、严谨的文献综述工作流程。覆盖学术、生物医学和技术领域，指导用户从定义研究问题（如PICO），到制定检索计划、证据筛选、结构化数据提取和主题整合，帮助构建高质量、可复现的综述报告。
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图网络分析与处理工具

networkx
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NetworkX是一个强大的Python库，用于创建、操作和分析复杂的网络和图结构。它支持多种图类型，并提供了完善的图算法功能，包括最短路径计算、中心性度量（如PageRank）、社区发现和连通性检测。用户可以生成模拟网络，读取和写入多种格式（如GraphML, CSV, Pandas），并利用Matplotlib进行可视化。特别适用于社交网络分析、生物网络研究和系统建模。
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Polars：高性能数据分析框架

polars
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Polars是一个专为Python和Rust构建的超高性能DataFrame库。它基于Apache Arrow，支持惰性求值（Lazy Evaluation）和并行计算，非常适合构建数据抽取、转换和加载（ETL）管道。它能够高效处理大型数据集，是需要超越Pandas性能瓶颈的数据分析和转换的最佳选择。
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量子计算框架Qiskit

qiskit
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Qiskit是一个领先的开源量子计算框架，用于构建、优化和执行量子电路。它提供全面的工具，支持在本地模拟器或主流云端量子硬件（如IBM Quantum、IonQ等）上运行，可应用于化学、机器学习和优化等前沿领域。
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单细胞RNA测序数据分析

scanpy
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Scanpy是一个强大的Python工具包，专用于单细胞RNA测序数据分析。它支持完整的生物学工作流程，包括质量控制、数据标准化、降维（PCA, UMAP, t-SNE）、聚类分析、标记基因鉴定和细胞类型注释。用户可以使用它生成高质量的科学图表。
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学术研究成果结构化评估

scholar-evaluation
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本技能提供了一个全面、可复现的学术评估框架，用于评估研究论文、提案、文献综述等学术成果。它涵盖了包括问题、方法论、数据证据、分析深度和引用质量在内的九个关键维度，能帮助用户系统性地提供结构化、专业化且极具指导性的反馈，从而提升学术和研究的整体质量。
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科学论文写作与排版

scientific-writing
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这是核心的学术写作工具，用于撰写和修订科学手稿。它支持IMRAD结构和复杂的引用格式，并强调必须结合图形摘要和技术流程图等视觉元素，确保科研论文具备最高的专业性和可读性。
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Scikit-learn Python机器学习库

scikit-learn
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Scikit-learn是Python领域标准的机器学习库。它提供全面的工具集，用于执行监督学习（如分类、回归）和无监督学习（如聚类、降维）。用户可以使用它来构建完整的机器学习流程，进行数据预处理、模型评估和优化，适用于构建端到端的各种数据科学和预测系统。
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Seaborn统计可视化库

seaborn
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Seaborn是一个高级的Python可视化库，专注于生成高质量的统计图表。它允许用户直接使用Pandas DataFrame进行数据导向的绘图，轻松实现多元分析、各种分布图、关系图等复杂统计图，无需编写复杂的底层代码，是数据分析领域的强大工具。
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Python统计建模与计量分析

statsmodels
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Statsmodels是Python生态系统中用于进行严谨统计建模的顶级库。它提供了全面的工具，支持各类统计方法的估计、推断和诊断。适用范围广，涵盖线性回归（OLS, WLS）、广义线性模型（逻辑回归、泊松回归）以及复杂的时序分析（ARIMA），是进行计量经济学分析和生成专业统计结果的利器。
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Python符号数学计算库

sympy
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SymPy是一个强大的Python符号数学库。它能够使用数学符号进行精确计算，而非简单的数值近似。该库的功能涵盖了从微积分、代数运算到线性代数、方程组求解、物理力学等多个高级数学领域。支持代码生成（如C/Fortran），是进行科学研究和复杂数学建模的理想工具。
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