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生物Python分子工具

biopython
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280
Biopython 是一套完整的 Python 分子生物工具，支持序列操作、文件格式转换、NCBI 接入、BLAST 自动化、结构解析与系统发育分析，适合构建生物信息流程与批量任务。
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bioRxiv 预印本搜索

biorxiv-database
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387
通过关键词、作者、日期和类别筛选 bioRxiv 预印本，输出结构化 JSON 元数据并可下载 PDF，便于文献综述与研究趋势追踪。
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BioServices 生物信息接口

bioservices
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125
BioServices 生物信息接口在 Python 中统一访问 40 多个数据库（UniProt、KEGG、ChEMBL、Reactome 等），支持跨库查询、ID 映射、通路与序列分析，适合集成多资源的自动化工作流。
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BRENDA 酶数据库查询

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428
通过 BRENDA SOAP 接口获取酶的动力学参数、反应方程、底物特异性及环境条件，为生物化学研究、代谢通路构建与酶工程优化提供数据支撑。
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ChEMBL 生物活性查询

chembl-database
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105
通过 ChEMBL Python 客户端访问化合物、靶点、活性与药物数据，按结构/性质/活性过滤，支撑抑制剂发现与 SAR 分析。
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临床试验数据库查询

clinicaltrials-database
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51
通过 ClinicalTrials.gov API v2 按疾病、药物、地点、赞助商或状态查询试验，按 NCT 编号提取详细数据并导出用于研究分析、患者匹配或试验监控。
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ClinPGx 药物基因组数据库

clinpgx-database
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260
通过 ClinPGx REST API 查询基因-药物关系、CPIC/DPWG/FDA 指南、等位基因功能与频率等临床药物基因组数据，支持个体化用药与临床决策。
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ClinVar 变异临床意义查询

clinvar-database
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217
查询ClinVar数据库以获取变异临床意义，通过网页/API访问、FTP批量下载并注释VCF，辅助基因组医学解读。
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COSMIC癌症突变数据访问

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355
通过认证获取COSMIC癌症突变数据，包括编码突变、基因普查、突变特征、融合、拷贝数、表达与耐药突变，支撑生信分析与精准肿瘤研究。
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DrugBank 数据洞察

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284
提供 DrugBank 的药物与靶点数据访问，涵盖数据下载、信息查询、药物相互作用网络、靶点与通路分析以及化学相似性比较，支持药理研究与临床安全评估。
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ENA序列访问

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463
通过 REST 接口或 FTP 访问欧洲核苷酸档案库，快速获取 DNA/RNA 序列、原始读段、组装体、注释和分类信息，便于科研或生信流水线集成。
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Ensembl基因组数据库接口

ensembl-database
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125
通过 Ensembl REST API 获取 250+ 物种的基因注释、序列、变异、同源基因及装配坐标映射，便于整合入基因组研究流程。
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