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AlphaFold结构访问

alphafold-database
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470
通过 UniProt 编号获取 AlphaFold 预测的蛋白质结构，下载 mmCIF/PDB 文件，分析 pLDDT/PAE 置信度，并用于结构分析或药物研发流程。
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注释数据矩阵

anndata
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451
AnnData 提供面向单细胞和注释数据的 Python 容器，支持在一个对象里管理数据矩阵与多维元数据，读取/写入 h5ad/zarr/loom/10X 等格式，并与 scverse 工具配合执行大规模分析。
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BGPT结构化论文检索

bgpt-paper-search
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438
BGPT论文检索通过远程MCP服务，从全文提取实验数据和方法、量化结果、样本与质量评分，便于进行系统综述、证据整理和元分析准备。
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Biopython分子生物工具包

biopython
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303
Biopython 提供序列操作、数据库访问、BLAST 自动化、结构生物信息和系统发育等功能，适合用于编写定制流水线和批量处理的计算分子生物学任务。
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生物服务跨库查询

bioservices
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119
BioServices 提供统一 Python 接口，调用几十个生信服务，便于跨库查询、ID 映射、通路与序列分析以及复合物检索，适用于整合型生物数据流程。
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CELLxGENE普查查询助手

cellxgene-census
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274
通过程序化接口访问CZ CELLxGENE 61M+细胞数据，按组织、疾病及细胞类型查询表达、元数据、嵌入与统计，便于与scanpy或模型流程结合开展大规模分析。
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临床决策支持文档

clinical-decision-support
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301
为医药与临床研究生成出版级临床决策支持文档，涵盖生物标志物分层队列分析、证据分级治疗建议、统计对比及符合监管要求的 LaTeX/PDF 输出。
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ClinPGx 药物基因组数据库

clinpgx-database
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210
通过 ClinPGx REST API 查询基因-药物关系、CPIC/DPWG/FDA 指南、等位基因功能与频率等临床药物基因组数据，支持个体化用药与临床决策。
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Data Commons 客户端

datacommons-client
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156
提供 Data Commons 的 Python 客户端，可解析实体、查询人口、经济、健康等公共统计数据，并结合 Pandas 处理观测记录，适合探索知识图谱中的统计关系。
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Denario科研流程助手

denario
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201
Denario通过多智能体协作，自动化科研流程，从数据洞察、方法构建到计算实验和LaTeX论文生成，全程支撑研究交付。
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扩散分子对接位点预测

diffdock
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81
DiffDock 采用扩散深度学习预测蛋白-小分子结合构象与置信度，支持单个或批量虚拟筛选，辅助结构基础药物设计。
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DrugBank 数据洞察

drugbank-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
439
提供 DrugBank 的药物与靶点数据访问，涵盖数据下载、信息查询、药物相互作用网络、靶点与通路分析以及化学相似性比较，支持药理研究与临床安全评估。
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