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学术引用文献管理

citation-management
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
458
本技能提供完整的学术引用管理流程，指导用户在研究和写作过程中系统性地处理引文。功能包括搜索Google Scholar和PubMed等学术数据库，从DOI、PMID等多种标识符中提取元数据，验证引文准确性，并生成符合规范的BibTeX格式文件，适用于撰写高质量的学术论文和学位论文。
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约束代谢模型分析

cobrapy
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
384
COBRApy是一个强大的Python库，用于进行基于约束的代谢模型分析。它支持加载、操作和优化生物体代谢模型（如SBML格式）。核心功能包括通量平衡分析（FBA）、通量变异分析（FVA）和基因/反应敲除模拟，是系统生物学和代谢工程领域不可或缺的分析工具。
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边界数据探索分析工具

exploratory-data-analysis
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
182
这是一个为科学研究和数据建模前准备的工具。它能在严格的本地安全沙箱内，对CSV、JSON、HDF5、图像等多种格式的数据结构进行边界审计。主要用于检查数据的缺失值、异常值和整体结构，确保数据在模型训练前的完整性和可信度。
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流式细胞术FCS文件读写工具

flowio
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
207
FlowIO是一款专用于读写流式细胞术标准文件（FCS 2.0, 3.0, 3.1）的底层工具。它能够帮助用户提取事件数据为NumPy数组，详细检查元数据（包括HEADER、TEXT等），并处理多数据集文件。该工具主要用于数据准备、格式转换和底层元数据管理，是生物信息学流程中的基础组件，但不执行复杂的分析任务如门控或补偿校正。
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串联质谱数据处理与比较

matchms
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
489
Matchms是一个用于处理、清洗、比较串联质谱（MS/MS）数据的Python包。它支持多种文件格式（如mzML, MGF），核心功能包括库搜索、元数据协调、峰值过滤和计算多种相似性得分（如余弦相似度）。适用于代谢组学和质谱分析工作流程，帮助构建光谱相似性网络和结构化得分矩阵。
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OMERO显微镜数据集成与自动化

omero-integration
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
479
本技能提供一套全面的框架，用于安全地检查和自动化针对OMERO服务器的复杂显微镜数据工作流。它利用omero-py和BlitzGateway管理元数据、注释、感兴趣区域（ROI）、表格和原始文件。适用于进行范围受限的库存盘点、结构化数据导出/导入规划以及执行受控的写入操作。
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DICOM数据集处理与分析

pydicom
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
168
pydicom是一个用于读取、检查、写入和转换本地DICOM数据集及像素数据的综合性Python库。它支持复杂的元数据处理、多种传输语法，并为医学影像处理流程提供了边界化的去标识化和预检工具，确保处理受保护的健康信息（PHI）时安全合规。
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PyOpenMS质谱数据分析工具

pyopenms
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321
PyOpenMS是一个强大的Python库，为计算质谱分析提供全面的功能。它深度支持蛋白质组学和代谢组学的全流程工作流，包括特征检测、肽段/蛋白质鉴定、定量分析和复杂LC-MS/MS数据处理。用户可以直接使用提供的脚本，完成数据格式转换、准确质量搜索和多样本量化等任务。
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治疗学数据中心ML任务发现

pytdc
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
79
PyTDC是用于处理治疗学数据中心（TDC）的专业Python工具包。它支持用户发现机器学习任务，加载批准的数据集，生成任务特定的数据划分，并评估预测结果，广泛应用于药物发现领域。工具强调在实际下载任何数据之前，必须先通过元数据进行探索和规划，以管理网络和存储资源。
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Alchemy链上数据性能优化

alchemy-performance-tuning
jeremylongshore/claude-code-plugins-plus-skills
188
本指南提供了使用Alchemy SDK优化区块链交互的高级策略。内容涵盖了基于TTL的响应缓存实现、多链并行数据获取、利用批量API调用（如NFT元数据）来降低计算成本，以及采用WebSocket进行实时事件订阅。这对于构建高性能、低延迟的去中心化应用（dApps）至关重要。
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Apify调试包：运行故障诊断

apify-debug-bundle
jeremylongshore/claude-code-plugins-plus-skills
64
该工具用于收集Apify Actor运行的全面诊断证据。它能聚合收集运行元数据、详细日志、数据集样本、使用统计和环境信息，是排查自动化流程故障或准备撰写专业技术支持工单的必备工具。
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可画API成本优化指南

canva-cost-tuning
jeremylongshore/claude-code-plugins-plus-skills
433
本指南提供了优化Canva Connect API使用和成本的策略。重点介绍了最佳实践，包括缓存设计元数据、实施导出跟踪以防止重复操作、高效处理分页，以及持续监控API调用量，帮助开发者优化资源利用和预算控制。
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