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糖链工程工具集

glycoengineering

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对蛋白序列进行N-和O-糖基化位点分析，提供筛查、添加或消除糖基化位点的策略，辅助抗体优化、疫苗设计及生物类似物糖链比对。

自动化假设发现流程

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Hypogenic 结合文献与数据，利用大模型自动生成与检验假设，适用于欺骗检测、内容识别、精神健康等经验研究，加速科研发现。

科学假设生成

hypothesis-generation

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通过文献梳理、证据融合、竞品假设和实验设计，引导生成可检验的科学假设，并要求配备 AI 科学图示以完成报告。

需求与代码差距分析

kiro-validate-gap

本工具旨在分析新功能需求与现有代码库之间的实现差距。它通过对比批准的需求文档、现有架构和系统上下文，帮助用户清晰识别出系统缺失的能力、潜在的集成挑战以及需要补充的研究点。最终输出详细的分析报告，提出多种可行的实现方案，为后续的设计和开发阶段提供坚实的依据。

LabArchives 实验笔记本集成

labarchive-integration

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通过 LabArchives API 自动化管理电子实验笔记本，包括凭证配置、条目/附件操作、备份、报表和 Protocols.io/Jupyter/REDCap 等集成，助力科研数据工作流。

LaminDB生物数据平台

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LaminDB 是一款面向生物数据的开放平台，提供从数据集管理、谱系追踪到本体注释、模式校验与工作流集成的全链路能力，帮助科研团队打造可查询、可复现的 FAIR 数据湖仓。

Matplotlib 可视化指南

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指导如何用Matplotlib绘制静态、动画与交互图形，掌握pyplot与面向对象接口、样式配置、多面板布局及导出出版级图像，适合科研或统计可视化需求。

分子动力学工具

molecular-dynamics

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利用 OpenMM 与 MDAnalysis 建立蛋白或小分子体系，执行能量最小化、均衡和轨迹分析（RMSD、RMSF、接触图与自由能面），为结构生物学与药物结合研究提供数据支撑。

Neuropixels 神经记录分析

neuropixels-analysis

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涵盖 SpikeGLX、Open Ephys、NWB 数据加载、预处理、运动校正、Kilosort4 排序、质量指标、Allen/IBL 筛选，以及 AI 辅助可视化的高密度 Neuropixels 记录分析工具。

OMERO显微镜数据集成

omero-integration

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通过 OMERO Python API 管理显微镜数据：访问项目/数据集/图像、分析像素、运维 ROI 与注释、保存表格结果，并支持高内涵筛选的批处理自动化流程。

开放笔记本研究中心

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开源自托管的研究平台，可替代NotebookLM，支持多源内容摄取、AI笔记、上下文对话、向量检索和多说话人播客生成，还提供REST API便于自动化。

Opentrons协议自动化集成

opentrons-integration

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提供官方 Opentrons Protocol API v2 接口，支持在 OT-2 与 Flex 机器人上编写 Python 协议，自动化液体处理、模块控制、上样板配置与复杂移液流程，并在执行前模拟测试。

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