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数据和代码公开可用性指南

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

本指南详细介绍了科学论文中数据和代码公开可用性的标准流程。它指导用户了解不同类型数据（如测序、结构、蛋白质组学）应在哪些官方存档库（如GEO、PDB、PRIDE、Zenodo）进行归档，并提供了期刊要求的标准化声明格式。遵循此指南可以确保所有研究数据和代码具有可追溯性和可复现性。

数据与代码公开可及性要求

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

本文档遵循开放科学原则，指导研究人员满足期刊强制的开放数据和代码公开要求。需将所有原始数据、分析代码和图像等材料存入公共、可追溯的存储库（如Zenodo、GEO），并使用DOI或登录号进行引用，杜绝仅使用“可应要求获取”的声明。

数据、代码和材料可及性检查

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

本指南用于确保科学论文达到最高的重现性标准。它要求作者系统地记录所有必要的科学数据（如基因序列、蛋白质结构）、将自定义分析代码存档并获取DOI，以及详细说明独特试剂和材料的共享计划。这是保证研究结论可靠性的关键步骤。

Biopython：生物计算工具箱

sickn33/antigravity-awesome-skills

Biopython是一个全面的Python库，专为计算分子生物学而设计。它提供了处理生物序列（DNA、RNA、蛋白质）、结构分析（PDB）、序列比对、系统发育树构建以及与NCBI等主要公共数据库交互的强大功能。适用于进行高级生物信息学分析的研究人员。

跨版本符号迁移与二进制差分

zhaoxuya520/reverse-skill

本技能用于跨版本符号迁移和二进制差分。当您需要将旧版本的符号或逆向结果快速迁移到新版本时使用。核心是通过LLM进行结构化差异比对，将旧版已有的符号信息（如函数名、偏移量）批量、程序化地应用到新版二进制文件，尤其适用于PDB缺失、程序更新或需要快速定位函数新偏移的场景。

UniProt 蛋白质数据库 API

uniprot-database

sickn33/agentic-awesome-skills

通过 REST API 访问 UniProt 蛋白质数据库，支持按基因、登录号或物种检索蛋白条目、获取 FASTA 序列、在 Ensembl/RefSeq/PDB 等数据库间映射标识符、自定义返回字段并流式下载大规模数据集。

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