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Matchms 质谱匹配

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Matchms 提供质谱导入导出、滤波、相似度计算和流水线构建，帮助识别代谢物、匹配光谱库并自动化分析流程。

代谢组学工作台API

metabolomics-workbench-database

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通过 REST API 访问 NIH 代谢组学工作台，获取代谢物、RefMet 规范命名、质谱 m/z 检索与研究数据，支持生物标志物与代谢组学分析。

Neuropixels 神经记录分析

neuropixels-analysis

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涵盖 SpikeGLX、Open Ephys、NWB 数据加载、预处理、运动校正、Kilosort4 排序、质量指标、Allen/IBL 筛选，以及 AI 辅助可视化的高密度 Neuropixels 记录分析工具。

OpenAlex科研文献数据库

openalex-database

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借助 OpenAlex 客户端查询 2.4 亿+ 学术成果，执行文献检索、引用追踪、开放获取发现与计量分析，覆盖论文、作者、机构等实体。

PubChem 化学数据库查询

pubchem-database

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通过 PUG-REST API 或 PubChemPy 查询 PubChem 百万化合物库，按名称、CID 或结构检索性质、相似性/子结构、活性数据，并支持格式互转，适用于化学信息分析与药物筛选。

PyDESeq2 差异表达分析

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PyDESeq2 将 DESeq2 差异表达流程搬到 Python 中，可加载批量 RNA-seq 计数、设定设计公式、拟合模型、执行 Wald 检验并做 FDR 校正，支持 apeGLM 收缩及与 pandas/AnnData 流程衔接，便于导出基因级统计结果。

材料结构分析工具

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一个面向计算材料科学的 Python 库，可创建/转换晶体结构、计算相图与电子结构，分析对称性与配位并接入 Materials Project API，支持高通量工作流。

PyOpenMS 质谱分析平台

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PyOpenMS 通过 Python 封装 OpenMS，支持 mzML 等格式读取、信号处理、特征和肽段/蛋白鉴定、定量及代谢组分析等质谱计算流程。

Pysam基因组分析工具

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Pysam 提供 htslib 的 Python 接口，可读写 SAM/BAM/CRAM、VCF/BCF、FASTA/FASTQ，便于提取区域、计算覆盖、分析变异，并支持 NGS 流水线集成。

QuTiP 量子系统模拟工具

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QuTiP 是一个面向开放与封闭量子系统的 Python 仿真工具，提供主方程、量子轨迹、可视化与分析模块，适合物理研究、教学实验与动力学探索。

科学批判性思维

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评估科研结论和实验严谨性，根据方法学、统计有效性、证据质量与偏差，结合 GRADE 与 Cochrane 风险评估框架，必要时配套科学图示，提升分析清晰度。

微生物组生物信息工具包

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scikit-bio 是一款 Python 生物数据工具库，涵盖序列处理、比对、系统发育树、微生物多样性指标、群落统计与排序分析，适用于需要处理 FASTA/Newick 文件与生态多样性统计的研究流程。

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