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金合云实验室：自动化蛋白质研究平台

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金合云实验室提供远程访问先进的自主实验室基础设施，用户可以在此提交和管理复杂的分子生物学实验方案。它支持多种应用，包括蛋白质表达和纯化（无细胞、大肠杆菌、毕赤酵母）、定量检测（HiBiT、A280、LabChip）、核酸合成（IVT mRNA/circRNA）以及特性分析（热移谱、Echo-MS、SPR）。该平台还集成了AI智能体，用于评估和定价定制工作流程。
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蛋白质糖基工程分析

glycoengineering
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本技能用于专业分析和设计蛋白质的糖基化修饰。它能够扫描蛋白质序列以识别N-糖基化位点和预测O-糖基化热点，支持用户优化治疗性抗体、提高蛋白质稳定性，或进行疫苗抗原设计，是生物药物研发的关键工具。
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Gtars：基因组区间处理工具包

gtars
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Gtars是一个强大的工具包，提供基于Rust和Python绑定的基因组区间处理能力。它支持集合代数、覆盖度计算、分词和片段处理等核心生物信息学任务。该库强调数据完整性，通过强制执行严格的基因组数据契约，确保在复杂的计算流程中正确处理坐标、组装信息和参考序列。
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AI智能信息图表生成

infographics
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使用先进的AI功能，生成专业、高质量的信息图表。本技能支持多种图表类型、行业风格和无色盲色板，并集成实时网络研究以确保数据准确性。通过智能迭代优化流程，确保输出图表符合营销报告和商业演示等专业场景的质量标准。
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Latch生物信息学工作流集成

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本技能提供了一个全面的框架，用于在Latch平台上构建、注册、调试和运行复杂的生物信息学工作流。它支持Python SDK、命令行接口，并整合了Nextflow和Snakemake等主流工作流引擎。适用于开发、部署和管理数据密集型、高可靠性的计算生物学管道。
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LaTeX科研海报设计制作

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本技能提供专业、高质量的学术和科研海报制作指南，支持使用LaTeX（包括beamerposter, tikzposter等）进行创作。它涵盖了布局设计、排版、配色方案以及AI图表生成，确保海报符合学术会议和展览的视觉传播规范。
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多格式文档转Markdown结构化工具

markitdown
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MarkItDown是一款轻量级工具，用于将各种异构文档（如PDF、Office、HTML等）转换为结构化的Markdown格式。它专门为文本分析、搜索引擎索引以及大型语言模型（LLM）和RAG系统的数据准备而设计，核心侧重于内容的结构化，而非视觉的完美还原。支持本地文件、数据流和多模态高级提取。
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串联质谱数据处理与比较

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Matchms是一个用于处理、清洗、比较串联质谱（MS/MS）数据的Python包。它支持多种文件格式（如mzML, MGF），核心功能包括库搜索、元数据协调、峰值过滤和计算多种相似性得分（如余弦相似度）。适用于代谢组学和质谱分析工作流程，帮助构建光谱相似性网络和结构化得分矩阵。
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Matplotlib：Python科学绘图与可视化

matplotlib
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Matplotlib是Python最基础的绘图库，用于创建静态、动画和交互式图表。它提供了对所有绘图元素的精细控制，支持绘制线图、散点图、热图等多种科学和统计图表。最适合需要高质量、出版级别复杂图表输出的场景，推荐使用对象级API进行开发。
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开源AI研究笔记平台

open-notebook
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Open Notebook是一个开源、自托管的AI研究平台，是NotebookLM的强大替代品。它允许用户导入PDF、视频、网页等多样化资料，在本地构建知识库。核心功能包括AI摘要生成、基于上下文的聊天问答、向量搜索、以及生成多角色播客，确保所有研究数据完全掌握在用户手中，隐私性极高。
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计算病理学分析平台

pathml
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PathML是一个专为本地化、研究用途设计的计算病理学分析平台。它支持从全玻片图像（WSI）加载、切片、预处理、质量控制（QC）、多重图像定量分析以及构建空间图谱等核心工作流程。该工具强调数据隐私和结果的可重复性，仅用于科学研究。
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科学手稿同行评审与评估

peer-review
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该工具支持对科学手稿、研究方案和学术提案进行严谨、证据驱动的同行评审。它引导评审者系统性地评估方法学、统计学、伦理合规性、可重复性和证据与结论的一致性，并强调维护评审过程的机密性和人工的专家责任。
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