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代码库深度架构文档化
acquire-codebase-knowledge
github/awesome-copilot
439
本技能能够系统性地分析和学习现有代码库的全部知识,自动生成包含技术栈、架构、结构、规范、集成、测试策略和潜在风险等七份详细文档。适用于新成员入职、项目审计或创建完整的、可验证的系统知识库。
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KubeSphere DevOps Jenkins 配置指南
kubesphere-devops-jenkins
kubesphere/kubesphere
72
本指南详细介绍了KubeSphere DevOps环境中Jenkins的配置和故障排除。内容涵盖了通过配置即代码(CasC)管理Jenkins,实现LDAP/OIDC等高级认证集成,自定义工作代理(Agent)镜像,以及连接GitLab等外部源。适用于希望构建和维护完整CI/CD流程的工程师。
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临床决策支持研究评估
clinical-decision-support
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
354
本技能用于准备和验证仅限研究的临床决策支持评估、证据档案、队列表及生存分析计划等工件。它支持聚合或合成研究文档及可追溯性,排除患者护理和实时临床操作,专注于治理、隐私和统计评估,供合格人类审查。
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NGS数据分析工具包
deeptools
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
157
用于高通量测序数据分析的Python命令行工具包,支持ChIP-seq、RNA-seq和ATAC-seq等实验。提供质量控制、数据标准化、样本比较和高质量基因组可视化功能,包括bigWig转换和热图分析。
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Ginkgo云实验室协议
ginkgo-cloud-lab
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
468
在Ginkgo Bioworks云实验室(cloud.ginkgo.bio)上选择、配置并提交实验协议,由自动化实验平台执行。涵盖蛋白表达与纯化、HiBiT/A280/LabChip定量、IVT mRNA/circRNA合成、热稳定与成药性检测、Echo-MS方法及SPR靶点建立,并提供定价与订购流程。
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LaminDB 生物数据管理
lamindb
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
350
LaminDB 是一个开源的、原生谱系的数据湖,专为生物数据集和模型设计。它支持数据的查询、追踪、验证和 FAIR 合规性,兼容多种存储格式。用户可追踪计算工作流,通过 Bionty 进行本体注释,管理单细胞测序等生物数据,确保可复现性和团队协作。
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开源研究笔记本平台
open-notebook
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
199
自托管开源的研究笔记平台,可替代 Google NotebookLM。支持导入 PDF、视频、音频、网页与 Office 文档,生成 AI 笔记与摘要、制作多说话人播客、与文档对话,并进行全文与向量检索,兼容 16 种以上 AI 提供商。
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Polars Bio 基因组区间分析工具
polars-bio
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
181
基于 Polars 的高性能基因组区间运算与生物信息文件读写库,支持 overlap、nearest、merge、coverage、complement、subtract 等操作,以及 BED/VCF/BAM/GFF 等格式读写,支持流式与云存储,是 bioframe 的快速替代方案。
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PyDESeq2 差异表达分析
pydeseq2
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
431
使用 PyDESeq2 对 bulk RNA-seq 进行差异基因表达分析,支持公式化设计、Wald 检验、FDR 校正、LFC 收缩和结果可视化。
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Scanpy 单细胞分析工具
scanpy
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
257
Scanpy 是一个可扩展的 Python 工具包,用于单细胞 RNA 测序数据分析。涵盖质量控制、标准化、降维、聚类和可视化。支持将 R 格式转换为 h5ad,并提供现成的 CLI 脚本实现端到端工作流,适用于探索性分析和高质量绘图。
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科学可视化
scientific-visualization
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
286
使用 Matplotlib、Seaborn 或 Plotly 创建真实、可访问、可发表的科研图表。确保数据完整性、正确编码、可访问性合规和期刊导出规划。包括不确定性显示、颜色对比审查和元数据验证指南。
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scVelo RNA速率分析
scvelo
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
360
scVelo 是用于单细胞 RNA 测序的 RNA 速率分析 Python 包,通过未剪接/剪接 mRNA 动力学估计细胞状态转变,推断轨迹方向,计算潜在时间并识别驱动基因,揭示细胞命运决定。
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