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RDKit 化学信息学工具

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RDKit 提供 Python 接口读取/写入 SMILES/SDF/InChI，控制分子规范化，计算描述符与指纹，执行子结构搜索、化学反应与可视化，适用于药物发现与计算化学研究。

科研资助申请撰写

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为NSF、NIH、DOE、DARPA和NSTC等机构撰写科研资助申请，涵盖机构要求、项目叙述、预算与意义陈述，配合AI生成的科研示意图提升竞争力。

云原生分子建模工作流平台

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Rowan 通过 Python 接口提供 pKa 预测、构象/互变异构体生成、对接、蛋白-配体共折叠与描述符等云原生分子建模能力，适合批量化学筛选与多步骤管道，无需本地高性能集群。

Scanpy 单细胞分析流程

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Scanpy 以 AnnData 为基础，构建可扩展的单细胞 RNA-seq 分析流程，涵盖质控、归一化、降维、聚类、标记基因发现、细胞注释、轨迹推断与出版级可视化，适用于探索型 scRNA-seq 研究。

科学头脑风暴指南

scientific-brainstorming

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作为科研思维伙伴，围绕跨学科类比、逆向假设与方案评估展开对话式头脑风暴，帮助梳理方向、识别突破点并规划下一步实验。

科研示意图自动生成

scientific-schematics

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借助 Nano Banana 2 AI 生成科研示意图，Gemini 3.1 Pro 按文档类型审核质量并智能迭代，帮助快速完成期刊、海报、报告、演示等场景的出版级图示。

科研论文写作助手

scientific-writing

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指导以IMRAD结构撰写科研论文，先梳理提纲再写出完整段落，配合APA/AMA/Vancouver引用与CONSORT/STROBE/PRISMA等报告规范，并生成图形摘要及多张图表用于投稿。

单细胞生成建模工具

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提供基于 PyTorch 的概率生成模型，面向单细胞 RNA、ATAC、空间与多模态数据，自动校正批次效应、支持不确定性差异分析，便于与 scanpy 流程对接。

Seatbelt 沙箱配置生成

seatbelt-sandboxer

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为 macOS 应用生成最小权限的 Seatbelt 沙箱配置，通过白名单方式限制文件、网络、IPC 等访问，适合在需要隔离、限制或防护高风险运行和供应链攻击的场景使用。

稳健基线3强化学习指南

stable-baselines3

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Stable Baselines3 提供基于 PyTorch 的强化学习算法、统一 API、训练流程、环境模板、向量化执行与回调机制，适合 Gymnasium 单智能体实验与快速原型开发。

供应链风险审计助手

supply-chain-risk-auditor

trailofbits/skills

系统梳理项目依赖，借助 GitHub 数据识别维护者单一、失效、低热度等高风险组件，便于在安全评估前集中精力处理，并给出更稳健的替代方案。

TileDB VCF 变体存储

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TileDB-VCF 使用 TileDB 稀疏数组高效管理 VCF/BCF 变异数据，支持增量样本、并行区域查询、云本地存储与导出，适合群体基因组分析与变异数据库构建。

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