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DNAnexus 云平台集成

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结合 DNAnexus 云端组学平台，开发并配置生信 app，管理 FASTQ/BAM/VCF 等数据，执行工作流并通过 dxpy Python SDK 自动化脚本驱动分析流程。

科学数据探索与分析

exploratory-data-analysis

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自动识别200多种科学数据格式，提取元信息、评估质量，并输出格式化 Markdown 报告，帮助用户理解结构并规划后续分析。

FlowIO流式细胞文件处理

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提供流式细胞FCS 2.0-3.1文件的读取、元数据与通道提取，以及 NumPy 数组导出和新文件生成，适合预处理流水线或简单的验证/格式转换需求。

GeoPandas空间分析工具

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GeoPandas 在 pandas 基础上提供地理矢量数据处理能力，可读写多种格式、投影、空间连接与叠加、缓冲与可视化，适合街区分析、地图制作与 PostGIS 集成工作。

计算资源监控助手

get-available-resources

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在科学计算开始前检测 CPU、GPU、内存和磁盘资源，生成 JSON 报告并给出并行、内存和 GPU 策略建议，帮助选择最优的计算方式。

Latch生物信息工作流

latchbio-integration

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LatchBio Integration 支持用 Python 装饰器构建无服务器生物信息工作流，结合 LatchFile/LatchDir 数据管理、资源调优与 Nextflow/Snakemake 集成，推进生产化流程。

系统性文献综述

literature-review

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系统执行文献回顾，跨PubMed、arXiv、Semantic Scholar等数据库检索、汇总主题发现、核实引文并生成带AI图示的Markdown/PDF格式报告，适用于论文、综述或研究背景整理。

Matplotlib 可视化指南

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Matplotlib 是 Python 的基础绘图库，提供 pyplot 与面向对象接口，可精细控制线型、色彩、多子图与导出格式，适用于科研报表、交互笔记本与桌面界面可视化输出。

药化过滤工具集

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Medchem 是一个 Python 库，用于执行药物可行性规则、结构告警、复杂度评估和自定义约束，对化合物库进行并行筛选，辅助先导化合物优化与质量审查。

Perplexity 实时搜索

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通过 LiteLLM 和 OpenRouter 调用 Perplexity 模型，实现带来源引用的实时网页搜索，可获取最新进展、科研文献和超出模型知识截止的信息。

PyDESeq2 差异表达分析

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PyDESeq2 是在 Python 中复现 DESeq2 的差异表达分析工具，可载入 bulk RNA-seq 计数、过滤低表达基因、指定单/多因素设计、执行 Wald 检验并进行 LFC 收缩，方便结合 pandas/AnnData 管道输出结果和可视化。

PyOpenMS 质谱分析平台

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PyOpenMS 通过 Python 接口调用 OpenMS，面向蛋白质组和代谢组全流程，从文件读写、信号处理、特征检测到鉴定定量，并可与 pandas/可视化工具整合。

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