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临床伦理与研究诚信核查指南

nejm-ethics
brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills
445
这是一份全面的学术投稿伦理和研究诚信核查清单，旨在确保稿件符合《赫尔辛基宣言》和ICMJE等国际标准。它指导作者完成IRB审批、知情同意获取、利益冲突披露、作者贡献界定以及数据共享声明等关键流程，是提交给顶级医学期刊前的必备自查工具。
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数据与代码可用性指南

pnas-data
brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills
144
本指南详细介绍了学术出版物中对研究数据和分析代码的最高可用性标准。它指导用户如何将原始数据（序列、结构、数据集）和代码上传至指定的公共存档库（如GEO, Zenodo），并获取永久识别码（DOI/登录号），以确保研究成果的高度可重复性和透明度。
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数据与代码公开可及性要求

pnasnexus-data
brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills
343
本文档遵循开放科学原则，指导研究人员满足期刊强制的开放数据和代码公开要求。需将所有原始数据、分析代码和图像等材料存入公共、可追溯的存储库（如Zenodo、GEO），并使用DOI或登录号进行引用，杜绝仅使用“可应要求获取”的声明。
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数据、代码和材料可及性检查

sci-data
brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills
469
本指南用于确保科学论文达到最高的重现性标准。它要求作者系统地记录所有必要的科学数据（如基因序列、蛋白质结构）、将自定义分析代码存档并获取DOI，以及详细说明独特试剂和材料的共享计划。这是保证研究结论可靠性的关键步骤。
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冰冻圈科学期刊投稿指南

the-cryosphere
brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills
492
本指南为目标投稿至《冰冻圈》期刊的作者提供全面指导。内容涵盖冰冻圈科学的范围、严谨的方法论要求（如FAIR数据、不确定性量化）以及其独特的公共同行评审流程。帮助作者评估稿件的适用性，确保投稿符合高质量的开放获取标准。
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批量导出FHIR数据用于分析

exporting-bulk-fhir
maziyarpanahi/openmed
136
用于从电子病历系统或FHIR数据仓库批量提取大规模（群体级）的临床文本记录。通过FHIR Bulk Data Access执行异步导出，获取NDJSON格式的数据流。该数据流设计用于分批传输给OpenMed进行脱敏处理和命名实体识别（NER）分析，是数据分析流程的起点。
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将OpenMed实体链接至UMLS概念

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maziyarpanahi/openmed
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本技能用于将OpenMed提取的医学实体（如疾病、药物）标准化，并链接到UMLS Metathesaurus的唯一概念标识符（CUI）。它支持跨词典（如SNOMED CT、ICD-10、RxNorm）的概念统一和标准化，是实现概念跨域对齐的核心工具。该流程必须使用用户的UTS API Key，保证数据获取的实时性和安全性。
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监控平台错误报告生成

mcp-integration-reference
FlorianBruniaux/claude-code-ultimate-guide
492
该技能提供了一种高级的监控平台(MCP)集成参考模式。它通过预先读取专属的“坑点”参考文件，来确保数据获取的准确性，有效规避了由于服务器API复杂行为、分页限制或细微查询规则导致的错误。它可以对错误数据进行根因分组分析，并生成结构化的、可操作的Markdown报告，帮助用户快速掌握系统健康状况。
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检索PubMed/PMC生物医学文献

mining-pubmed-literature
maziyarpanahi/openmed
218
该技能利用NCBI E-utilities（如ESearch/EFetch）程序化地检索和获取PubMed及PMC的生物医学文献。它可以汇集特定疾病、药物或基因相关的文献摘要、全文和元数据，常用于构建证据库、进行生物医学命名实体识别或总结科学发现。
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DataLad 科学数据管理工具

datalad
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
434
DataLad 基于 Git 和 git-annex 管理科学数据集，高效处理大文件，将内容远程存储。它能记录计算溯源，确保分析可复现，支持从 OpenNeuro 等仓库克隆、获取和发布数据集。适用于管理大型数据文件及保证分析流程的可重复性。
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NCATS ARAX 生物医学知识图谱查询

ncats-arax
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
250
该技能用于查询 NCATS Translator ARAX API，获取生物医学知识图谱关系。支持基于 Biolink 约束的一跳和两跳查询、实体归一化及提供者联邦。用户可检查溯源和边绑定。仅限公开研究查询，需 Python 3.10+ 及 HTTPS 访问。不可用于临床指导或敏感数据。
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金融市场数据API

alpha-vantage
sickn33/agentic-awesome-skills
52
通过 Alpha Vantage API 获取超过20年的全球金融数据，涵盖股票、期权、外汇、加密货币、大宗商品、经济指标及50多种技术指标。适用于量化分析、回测和金融研究。
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