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Polars Bio基因组工具

K-Dense-AI/claude-scientific-skills

polars-bio 依托 Polars、Arrow 与 DataFusion，提供高性能基因组区间运算、BED/VCF/BAM/CRAM/GFF/FASTA 等生信文件读写、SQL 查询及流式处理，适合云存储与大文件场景，可替代 bioframe。

DNAnexus基因组学云平台集成

dnanexus-integration

K-Dense-AI/scientific-agent-skills

这是一个用于在DNAnexus云平台上开发和执行基因组学分析流程的综合工具包。它覆盖了从应用构建、管理大型生物医学数据集（如FASTQ, BAM, VCF）到工作流编排和使用dxpy Python SDK进行程序化交互的全生命周期。

基因组数据处理与分析

K-Dense-AI/scientific-agent-skills

Pysam是一个专业的基因组数据处理Python模块。它提供了一个Python接口，用于读写和操作主流基因组格式，包括BAM/CRAM比对文件、VCF/BCF变异文件和FASTA/FASTQ序列。广泛应用于基因组测序分析、变异检测、覆盖度计算以及构建复杂的生物信息学流程。

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