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代谢组学工作台API

metabolomics-workbench-database

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通过 REST API 访问 NIH 代谢组学工作台，获取代谢物、RefMet 规范命名、质谱 m/z 检索与研究数据，支持生物标志物与代谢组学分析。

Neuropixels 神经记录分析

neuropixels-analysis

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涵盖 SpikeGLX、Open Ephys、NWB 数据加载、预处理、运动校正、Kilosort4 排序、质量指标、Allen/IBL 筛选，以及 AI 辅助可视化的高密度 Neuropixels 记录分析工具。

OpenAlex科研文献数据库

openalex-database

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借助 OpenAlex 客户端查询 2.4 亿+ 学术成果，执行文献检索、引用追踪、开放获取发现与计量分析，覆盖论文、作者、机构等实体。

开放靶点数据库平台

opentargets-database

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通过 Open Targets GraphQL API 查询靶点-疾病关联、可成药性、安全性、药物及多组学证据，帮助完成治疗靶点发现、优先级排序、安全评估和药物再利用等工作。

PDB结构浏览器

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通过 RCSB PDB 搜索蛋白或核酸结构、下载 PDB/mmCIF/Binary 坐标文件、获取实验元数据并批量处理，为药物发现、蛋白工程和结构生物学提供数据支撑。

Plotly 交互式图表

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Plotly 是 Python 交互式图形库，适合数据探索、仪表盘与汇报，支持提示、缩放、动画和多种导出格式。

PubMed 数据库访问

pubmed-database

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通过 PubMed 的 REST/API 接口构建布尔、MeSH 查询，按类型和时间等属性过滤文献，并借助 NCBI E-utilities 自动抓取摘要、引用和批量处理。

DICOM 医疗影像工具

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Pydicom 提供 Python 接口，方便读取、写入和修改 DICOM 医疗影像文件，支持像素提取、元数据管理、匿名化、格式转换以及与 PACS 流程的集成，适用于医学影像分析和放射科应用。

PyMC 贝叶斯建模

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使用 PyMC 5+ 构建层级贝叶斯模型，涵盖数据准备、MCMC（NUTS）或变分推断、先验/后验检查、信息准则比较与预测推断，适合不确定性评估。

Reactome 通路分析助手

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调用 Reactome 内容与分析服务（或 reactome2py 客户端）获取通路层级、基因映射、富集/表达分析与疾病机制数据，辅助系统生物学研究。

Scanpy 单细胞分析流程

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Scanpy 是一个可扩展的 Python 工具包，用于处理单细胞 RNA-seq 数据，包含质控、归一化、降维、聚类、标志基因识别、细胞类型注释及高质量可视化，适用于 h5ad/10X/CSV 格式。

微生物组生物信息工具

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scikit-bio 提供 Python 生物数据工具，支持 FASTA/Newick 等格式读写、序列操作、比对、系统发育树构建及多样性分析，适用于微生物组和群落生态研究。

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